Po poslední bitvě zůstala Mekagojira (Kiryu) mimo provoz. Gojira skončila sice na dně moře, ale zlikvidovat se ji nepovedlo. Vědec Yoshito Chujo dostane za úkol Kiryu co nejrychleji opravit, ale její nejděsivější zbraň „Absolute Zero“ je nenávratně zničena. Aby toho nebylo málo, dostane japonská vláda varování od Shobijin, aby neprodleně vrátili kosti původní Gojiry do moře, jinak božská Mosura vyhlásí lidstvu válku. Na oplátku nabízí Japonsku svou ochranu před dalšími útoky obávaného monstra. To však rozhodně nehodlá čekat, než se obě strany dohodnou, a opět se vynoří z hlubin Tichého oceánu a začne demolovat Tokio. Mosura se proto vydává do boje, zatímco se na ostrově Infant narodí její potomstvo. Jenomže tentokrát je Gojira nad její síly, a tak vládě nezbývá nic jiného než poslat do boje poškozenou Kiryu. (SOLOM.)

Poté, co strávil druhou světovou válku v letectvu, se bývalý plukovník Joe Barrett vrací do Tokia, aby zjistil, jestli tam něco zbylo z jeho předválečného podniku jménem Tokyo Joe. Překvapivě je neporušený a provozuje ho jeho starý přítel Ito. Joe je šokován, když se od Ita dozví, že jeho žena Trina, o které si myslel, že zemřela ve válce, je stále naživu. Rozvedla se s Joem a je vdaná za Marka Landise, právníka pracujícího pro americké okupační síly. Aby mohl zůstat v Japonsku poté, co mu vyprší jeho návštěvnické povolení na 60 dní, chce Joe založit franšízu nákladní letecké společnosti, ale potřebuje finanční prostředky. Prostřednictvím Ita se Joe setkává s baronem Kimurou, bývalým šéfem japonské tajné policie. Kimura nabízí financování malé letecké společnosti, která by přepravovala zmrazené žáby do Severní a Jižní Ameriky, i když si Joe myslí, že Kimura chce leteckou společnost využívat k pašování různého kontrabandu.