A l'époque Edo, les samurais étaient respectés de tous, mais la venue des Amanto (aliens) ont entrainés la déchéance des samurais avec l'interdiction du port de l'épée. Mais un jeune garcon du nom de Sataka Gintoki décide de vivre à sa manière en devenant un freelancer (personne qui accepte des petit boulots pour rendre service). Accompagné de ses deux amis Kagura et Shinpachi, il vivent et se battent en tant que hors-la-loi.

Commandants shoguns et guerriers samouraïs, geisha exotiques et artisans exquis - tous faisaient partie de la «renaissance» japonaise; une période entre le XVIe et le XIXe siècle où le Japon est passé du chaos et de la violence à une terre de raffinement rituel et de paix. Mais la stabilité a un prix: pendant près de 250 ans, le Japon a été une terre fermée au monde occidental, dirigée par le Shogun sous son pouvoir et son contrôle absolus. Japon: Mémoires d'un empire secret fait revivre l'histoire inconnue d'un empire mystérieux, ses relations avec l'Occident et la formation d'une nation qui émergerait comme l'un des pays les plus importants du monde.