Captain Jean-Luc Picard en de crew van de Enterprise-D komen in een gevecht met Soren, een wetenschapper die sterren vernietigt in een poging om toegang te krijgen tot de mysterieuze Nexus. Data die sinds kort een emotie chip in zich heeft zorgt ervoor dat Geordi gevangen wordt genomen.

Het ruimteschip 'Enterprise E' patrouilleert aan de rand van ons sterrenstelsel, wanneer de bemanning een noodboodschap van het hoofdkwartier van de Starfleet ontvangt: de Borg, een uiterst oorlogszuchtig buitenaards volk, zijn de ruimte van de Federatie binnengedrongen en stevenen af op de aarde.

De getalenteerde jongen Ender wordt naar een geavanceerde trainingsschool in de ruimte gestuurd, waar hij samen met andere kinderen wordt getraind voor een naderende aanval van een buitenaards ras.

Op weg naar de bruiloft van officier Will Riker en raadslid Deanna Troi raken kapitein Jean-Luc Picard en zijn crew afgeleid door een onverwachte diplomatieke missie op de planeet Romulus. De bewoners van de planeet, sinds lange tijd vijand van de Federatie, hebben hun wens naar vredes-onderhandelingen uitgesproken.

De nieuwste versie van het ruimteschip Enterprise heeft startproblemen en Captain Kirk besluit zijn kersverse slagschip nog even in het Spacedock te houden, als een urgente missie hem toch weer de ruimte in roept. Op Nimbus III heeft een afvallige Vulcan, met behulp van een klein groepje handlangers, een aantal ambassadeurs gevangen genomen.

Kirk, inmiddels admiraal, krijgt nog één keer het commando over zijn oude schip om een vreemde en dodelijke macht tegen te houden die op weg is naar de aarde. Kirk zoekt zijn oude bemanningsleden bij elkaar om met hen de planeet te redden.

In de ruimte worden signalen opgevangen van walvissen die op aarde allang uitgestorven zijn. Door de signalen die ze uitzenden, treden er storingen op in ruimtestations. Eén van de leden van de Enterprise komt op het idee om terug in de tijd te reizen en dan twee walvissen te vangen. Deze walvissen moeten reageren op de signalen anders zal de defensie van de Starfleet machteloos zijn. Captain T. Kirk, dr. Spock en nog een paar andere leden van de Enterprise krijgen een niet zo'n gemakkelijke missie, want het schijnt dat er niet zoveel walvissen meer op aarde zijn.

Al sinds de oprichting van de federatie was de eerste richtlijn duidelijk: Starfleet mag zich nooit mengen in de natuurlijke ontwikkeling van andere beschavingen. Picard krijgt echter te maken met orders die daarmee strijdig zijn. Als hij ze uitvoert, zullen 600 vreedzame inwoners van Ba'Ku gedwongen zijn uit hun zeer bijzondere wereld te moeten vertrekken opdat - zo wordt gezegd - miljoenen anderen kunnen profiteren van de unieke, verjongende krachten die op Ba'ku aanwezig zijn. Als Picard de orders niet uitvoert, zet hij zijn starship, zijn loopbaan en zijn leven op het spel. Voor Picard is de keus duidelijk. Hij moet ingaan tegen starfleet en de opstand leiden om het paradijs voor de Ba'ku te behouden.

Aan boord van de Nightingale 229 bevindt zich een vreemde aanwezigheid. Het is een dreigend onbekend iets dat door Karl Larson aan boord werd gesmokkeld. Karl werd door de bemanning opgepikt in de buurt van een verlaten mijn. De astronauten krijgen niet lang de tijd om dat te betreuren want één na één komen ze op een gewelddadige manier aan hun eind. Voor het zover is wordt er nog driftig heen en weer gelopen door smalle gangen, verlicht door fotogenieke lichtjes. De confrontatie aan het einde van de reis zou wel eens bepalend kunnen zijn voor het voortbestaan van de aarde.

Om haar eigen planeet te redden neemt een ruimteschip de levensvorm aan van een man (Eddy Murphy). Problemen doen zich echter voor wanneer er een vrouw (Elizabeth Banks) in het spel komt die het hart van die man verovert. De kapitein van het ruimteschip voorziet hierdoor vele problemen tijdens het redden van zijn eigen planeet.

Admiraal Kirk is verbonden aan de Starfleet Academie, terwijl Spock het commando heeft over de Enterprise en tegelijkertijd rekruten opleidt. Ondertussen komt Chekov, die met zijn nieuwe collega's aan boord van de Reliant het supergeheime Genesis-project begeleidt, een oude vijand tegen: Khan Noonian Singh.

De oorlog tegen de Bugs gaat verder! Een Federatie ruimteschip is na een botsing geland op de afgelegene vreemde planeet OM-1. De geliefde leider Marshal Anoke en enkele anderen zitten vast, inclusief de bevallige, maar taaie piloot Lola Beck. Het is aan Kolonel Johnny Rico, de aarzelende held van de oorspronkelijke Bug-Invasie op Planeet P, om met een team van Troopers een gewaagde reddingsmissie te leiden.

Fort Casey, een afgelegen buitenpost van de Federatie, wordt aangevallen door insecten. Het team op het snelle aanvalsschip Alesia wordt aangewezen om John A. Warden, die gestationeerd is in Fort Casey, te evacueren en de overlevenden veilig terug te brengen naar de aarde. Carl Jenkins, Minister van Paranormale Oorlogsvoering, neemt het ruimteschip mee op een clandestiene missie voordat hij de Alesia ontmoet, maar raakt vermist in een nevel. Nu worden de soldaten belast met een missie die kan leiden tot een nog onheilspellender afloop dan ze ooit hadden kunnen voorspellen.

Na een explosie op hun planeet hebben de Klingons ongeveer 50 jaar de tijd voordat hun ozonlaag volledig is vernietigd en zij zullen uitsterven. Ze hebben slechts één keuze: zich aansluiten bij de Federatie.

Het lichaam van Spock rust op de nieuwe Genesisplaneet, maar Kirk vindt absoluut geen rust nu zijn beste vriend hem heeft verlaten. Zeker niet als hij ontdekt dat Spocks eeuwige ziel op McCoy is overgedragen en er nog steeds kans blijkt te zijn op Spocks redding. Tegen alle regels in kaapt hij de Enterprise om samen met de nu zeer onevenwichtige McCoy naar Genesis af te reizen.

At the end of the 22nd century Alisa Seleznyova, her father Professor Seleznyov and pilot Zelyony go on a space expedition to find rare animals for Moscow Zoo. On the way they seem to encounter a mysterious conspiracy led by Doctor Verhovtsev against legendary Two Captains Kim and Buran. The only clue is a talking bird Сhatterer [Govorun] that our heroes accidentally took possession of.

Dr. Scholl (Cox Habbema), leider van het ruimtestation Earth-Center, moet de plotselinge verdwijning van acht ruimteschepen onderzoeken. Een "zeer geheime op de aarde gelijkende planeet" speelt een belangrijke rol in het mysterie.

The luxury space cruiser Star Princess' maiden voyage is sabotaged when the treacherous second make, Alex Barnes (Corbin Bernsen), kills the captain and "spacejacks" the ship. Barnes then severs communications with Earth and activates a bomb which will blow up the liner unless he is given access to the wealthy passengers' bank accounts. But he mistakenly underestimates the courage of the first mate, Ryan Taylor (Steve Bonds) and an adventurous young passenger, Dawn Taggert (Amanda Pays), who together risk life and limb to try to save the Star Princess and her passengers from inevitable destruction.

Running low on fuel, the Battlestar Galactica receives the help of the supposedly lost Battlestar Pegasus which is taking the offensive with the Cylons.

It is 2035 A.D. and the final countdown has begun for a voyage that will reach across the vastness of outer space - to explore the nearest Earth-Like planet. An international crew has been placed in cryogenic suspended animation for the journey. But a century later, they awake to find that things have gone horribly wrong.