La película consta de nueve tramas paralelas que tienen lugar en el Valle de San Fernando, en Los Angeles: un niño prodigio, el presentador de un concurso de televisión, un ex-niño prodigio, un moribundo, su hijo perdido, la mujer y el enfermero del moribundo. Son historias aparentemente independientes, pero que guardan entre sí una extraña relación. Magnolia es el retrato de la vida americana visto a través de una serie de viñetas cómicas y conmovedoras.
Sara es una chica recién llegada a Los Ángeles que se siente sola entre sus nuevos compañeros de instituto. Pero conoce a tres amigas que sienten intereses afines a los suyos: las ciencias ocultas, y que además poseen poderes similares. Juntas formarán un círculo secreto que cambiará sus vidas para siempre.
En un futuro cercano, en La Tierra la perfección genética impera. Los seres inferiores, como Vincent Freeman, cuyo ADN es fruto de una relación natural y no de laboratorio, están condenados al fracaso. Pero Vincent quiere triunfar, y conseguirá esconder su verdadera condición para conseguir su objetivo más ansiado: ser piloto espacial.
Narra una historia de amor no convencional, ambientada en un mundo distópico, en el que según las reglas establecidas, los solteros son arrestados y enviados a un lugar donde tienen que encontrar pareja en un plazo de 45 días. El tema central es la soledad, el temor a morir solo, a vivir solo, y también al temor a vivir con alguien.
The Kid, un músico pobre y atormentado por los problemas familiares, reproduce el maltrato que su padre da a su madre en su relación amorosa. Luchando por sobrevivir a una turbulenta vida familiar y a su propia ira, su talento se refugia en su música y en su relación con la cantante Apollonia. Además, la tensión aumenta cuando su rival intenta conquistar a su novia y obtener la exclusividad del bar donde ambos cantan.
Otto Anderson es un viudo cascarrabias y muy obstinado. Cuando una alegre joven familia se muda a la casa de al lado, Otto encuentra la horma de su zapato en la espabilada, y muy embarazada, Marisol, lo que conlleva a una muy improbable amistad que pondrá su mundo patas arriba.
Chuck Noland, un ejecutivo de la empresa multinacional de mensajería FedEx, se ve apartado de su cómoda vida y de su prometida a causa de un accidente de avión por el que queda aislado de la civilización en una remota isla tropical. Único superviviente y solo en la isla, tras cuatro años de subsistencia Chuck aprende todas las técnicas de supervivencia mientras sufre la tortura de la soledad. La solución: arriesgar la vida adentrándose mar adentro.
Scottie Fergusson es un detective de la policía de San Francisco que padece de vértigo. Cuando un compañero cae al vacío desde una cornisa mientras persiguen a un delincuente, Scottie decide retirarse. Gavin Elster, un viejo amigo del colegio, lo contrata para que vigile a su esposa Madeleine, una bella mujer que está obsesionada con su pasado.
Frankie Dunn, después de haber entrenado y representado a los mejores púgiles, regenta un gimnasio con la ayuda de Scrap, un ex-boxeador que, además, es su único amigo. Frankie es un hombre solitario y adusto que se refugia desde hace años en la religión buscando una redención que no llega. Un día, entra en su gimnasio Maggie Fitzgerald, una voluntariosa chica que quiere boxear y que está dispuesta a luchar denodadamente para conseguirlo. Pero lo que más desea y necesita es que alguien crea en ella. Frankie la rechaza alegando que es demasiado mayor y que, además, él no entrena a chicas. Pero Maggie no se rinde y se machaca cada día en el gimnasio, con el único apoyo de Scrap. Finalmente, convencido de la inquebrantable determinación de Maggie, Frankie decide entrenarla.
Es la vigilia de Navidad en Bedford falls, NY, y George Bailey está planeando suicidarse. Pero un ángel es enviado para detenerle en su intento. Él le enseñará a George las cosas maravillosas de su juventud, cómo salvó la vida de su hermano y la de otros que, gracias a haber conocido a George, son felices. Así, nuestro amigo descubrirá que... ¡La vida es realmente un tesoro maravilloso que debemos disfrutar!
Grace educa sola a sus hijos en un aislado caserón victoriano bajo estrictas normas religiosas. Los tres nuevos sirvientes deben aprender una regla vital, la casa estará siempre en penumbra y nunca se abrirá una puerta si no se ha cerrado la anterior porque los niños sufren una extraña alergia a la luz del día.
Rusia, revolución bolchevique (1917). La guerra produce una convulsión general en un país dividido. En medio del conflicto, asistimos al drama íntimo de un hombre que lucha por sobrevivir. Este hombre es Zhivago, poeta y cirujano, marido y amante, cuya vida trastornada por la guerra afecta a las vidas de otros, incluida Tonya, su mujer, y Lara, la mujer de la que se enamora.
Año 1967. Susanna Kaysen, de 17 años, es como la mayoría de las chicas americanas de su edad: está confusa, se siente insegura y lucha por entender el mundo que la rodea. Su psiquiatra decide ingresarla en el Hospital Claymoore, diagnosticándole un trastorno de la personalidad, que se manifiesta a través de una gran inseguridad respecto a la propia imagen, a los objetivos a largo plazo y a los amigos. En el centro Susanna conoce a Lisa, Georgina, Polly y Janet, un grupo de chicas inadaptadas con las que entabla una estrecha amistad y que, además, le muestran el camino para encontrarse a sí misma.
La historia gira en torno a Shōko Nishimiya, una estudiante de primaria que es sorda de nacimiento y que al cambiarse de colegio comienza a recibir acoso escolar por parte de sus nuevos compañeros. Uno de los principales responsables es Shōya Ishida quien termina por forzar que Nishimiya se cambie de escuela. Como resultado de los actos contra Shoko las autoridades del colegio toman cartas en el asunto y el curso señala como único responsable a Ishida, quien comienza a sentir el acoso impuesto por sus propios compañeros, al mismo tiempo que termina aislándose de los que alguna vez fueron sus amigos. Años después, Ishida intenta corregir su mal actuar, buscando la redención frente a Nishimiya.
A mediados de los 70, en un barrio residencial de una ciudad americana vive en perfecta armonía la familia Lisbon. Todos los chicos suspiran por las cinco hermosas hermanas Lisbon. Sin embargo, ese paraíso se desmorona cuando Cecilia, la menor, se suicida a los doce años. ¿Cómo puede convivir la belleza más pura con una macabra historia adolescente? Ésta es la pregunta que persigue a uno de aquellos adolescentes que, ya en su madurez, aún no ha podido olvidar los sucesos ocurridos veinte años antes.
Cuenta la historia de Rancho. Un chico con una pasión por estudiar y aprender. En la escuela de ingenieros, entablará amistad con Raju y Farham que acabarán por convertirse en sus dos mejores amigos. Pero al graduarse pierden el contacto y sus dos amigos deciden ir en su búsqueda.
La vida de una joven diseñadora de moda gira en espiral a medida que sus pensamientos internos más oscuros se manifiestan en algo espantoso que no deja de crecer.
Sara es una chica estadounidense que busca a su hermana gemela desaparecida en el bosque Aokigahara, a los pies del Monte Fuji en Japón. A pesar de las advertencias de todo el mundo para que no entre en el bosque, la joven acaba yendo para descubrir la verdad sobre lo sucedido y averiguar el destino de su hermana. Sin embargo, se tendrá que enfrentar a almas atormentadas y muertos que se aprovechan de cualquier persona que vaga por ese bosque.
Marnie es una embustera y una ladrona compulsiva que se sirve de su trabajo como secretaria para robar. Cuando Mark Rutland la contrata, no sólo no abandona sus delictivos hábitos, sino que, además, se comporta de manera absolutamente desquiciada. A pesar de todo, Mark, cediendo a un impulso inexplicable, decide casarse con ella y averiguar las razones de su obsesivo comportamiento. Cuando un terrible accidente lleva a Marnie a una situación límite, Mark la obliga a enfrentarse a sus terrores cuyas raíces se hunden en el pasado.
Cuatro historias basadas en las emociones que, según un proverbio chino, forman parte de la vida: la felicidad, el placer, el dolor y el amor. Un hombre de negocios apuesta todo lo que tiene en una carrera de caballos. Un gángster descubre que puede ver el futuro. Una cantante de música pop es víctima de un mafioso. Un médico debe salvar la vida de su gran amor de un terrible peligro.