Utena est une petite fille lorsqu'elle perd ses parents. Alors qu'elle ne tient plus à la vie, et n'a pour seule envie que de rejoindre ses parents dans la mort, apparaît un prince, Dios, qui en lui montrant quelque chose dont elle ne se souviendra pas, lui donne le courage de vivre et surtout l'envie de lui ressembler. En souvenir de ce jour, il lui offre une bague qui doit lui permettre de le retrouver. Celle-ci porte l'emblème de l'académie Ôthori.

Nous suivons Akari Mamiya, une adolescente de rang E assez maladroite qui cherche à marcher sur les traces de son idole Aria H. Kanzaki.

Elles deux vont au lycée pour Butei qui emploie un système du nom d'Amica qui permet d'avoir un partenaire plus haut classé que soi. C'est pour cela qu'Akari va tout faire pour être appareillée avec elle.

Un jour, cinq mondes devinrent liés : le monde bleu (le nôtre, la Terre), le monde noir (régi par la nuit et la magie), le monde rouge (protégé par les prières et les dieux), le monde blanc (géré par la science et l'informatique) et le monde vert (régi par les armes et les armées). Anges, démons, fées, sorcières et déesses qui ont peuplé contes et légendes sont à présent bien réels.

Angleterre, 1786. Mary, 21 ans, pauvre et affamée, vole pour survivre. Arrêtée pour un larcin mineur, Mary est expédiée avec des centaines de condamnés dans une prison en Australie.