Rescapée d’un accident, une jeune femme est complètement reconstruite et transformée en cyborg par les soins des scientifiques de la société Hanka Robotics. Seul son cerveau, siège de son âme, a été conservé et placé dans une coquille synthétique à l’apparence humaine, ce qui en fait un être unique en son genre. Recrutée au sein d’une section spéciale du département de la Défense, elle est entraînée pour lutter contre les criminels et déploie des capacités surhumaines. Travaillant sous les ordres d’Aramaki, Major et son coéquipier Batou, un cyborg lui aussi, sont chargés de retrouver Kuze, un pirate qui menace de prendre le contrôle des esprits de ses adversaires afin de détruire Hanka Robotics.