L'histoire de Magi est en partie inspirée des fameux contes & légendes des mille et une nuits. Dans le monde de Magi, d'étranges lieux appelés « Labyrinth » ont commencé à apparaître de manière totalement aléatoire 14 ans avant le début de l'histoire. À l'intérieur ? Des montagnes de richesses, mais aussi d'horribles pièges et dangers. Cependant, dès qu'une personne est arrivée au bout du Labyrinth, celui-ci disparaît, laissant ses trésors à celui qui l'a vaincu. Aladdin, le personnage principal, est un enfant tout ce qu'il y a de plus inoffensif… du moins, en apparence ! En effet, la flûte qu'il porte autour du cou est la demeure d'un puissant djinn du nom de Hugo. Un jour, le duo va faire la connaissance d'Ali Baba, dont le rêve est d'entrer dans un Labyrinth, en quête de richesse et de gloire ! Avec l'aide d'Aladdin, son rêve lui semble être à portée de main. Mais Ali Baba ne se rend pas compte qu'avec Aladin, son aventure ira bien plus loin.

Futaba Yoshioka est une jeune lycéenne de seconde qui avait du mal à s'entendre avec les garçons lorsqu'elle était au collège, à l'exception de Kô Tanaka, un élève de la classe voisine qui se fait transférer dans une autre école pendant les vacances d'été. Elle le revoit au lycée, mais non seulement son nom a changé de Kô Tanaka à Kô Mabuchi parce que ses parents ont divorcé entre-temps, mais son caractère est aussi devenu bien différent

Rumi Yokoi est une élève sérieuse. Mais à sa gauche est assis Toshinari Seki, un dilettante génial qui ne ménage jamais ses efforts pour tuer le temps.

Un jeu vidéo développé sur les réseaux sociaux permet à un utilisateur sur 10 000 de devenir une magicienne et d’obtenir de véritables pouvoirs. Mais un jour, l’administrateur annonce à seize filles se trouvant dans un périmètre bien défini que le nombre de magiciennes va devoir être réduit de moitié. Une course s’engage pour collecter les derniers artefacts disponibles, mais les règles deviennent de plus en plus tordues. S’ensuit alors une bataille meurtrière pour survivre…