มอลลี่ เด็กสาวผู้โดดเดี่ยว บังเอิญปล่อยอำนาจของโปเกมอนปริศนา ชึ่งใช้ความฝันและจินตนาการของมอลลี่มาทำให้พวกมันมีชีวิตและอำนาจชั่วร้ายที่สามารถทำให้เมืองกลายเป็นน้ำแข็ง มอลลี่ต้องการมี่แม่ จึงให้ เอ็นตี้ โปเกมอนแห่งตำนาน ไปตามหาแม่ของเธอ แต่ เอ็นตี้ กลับไปลักพาตัวแม่ของซาโตชิ และสะกดจิตให้เธอเป็นแม่ของมอลลี่ ซาโตชิและเพื่อนจึงต้องต่อสู้เพื่อช่วยแม่ของเขากลับมาและทำลายอำนาจมืดที่ปกคลุมเมืองนี้ให้ได้

One year after the events of the anime, Rintarou begins to feel the repercussions of extensive time travel, and eventually completely fades from reality. Kurisu, being the only companion to remember him, now must find a way to bring him back.

พวกซาโตชิเดินทางมาถึงเมืองอาราโมสเพื่อที่จะเข้าร่วมการแข่งขันโปเกมอนคอนเทสต์ แต่ที่พวกเขาพบไม่ใช่แค่การแข่งขันเท่านั้น พวกเขาได้พบกับเรื่องแปลกประหลาด มิติที่เกิดการเรื่อมซ้อนกันเพราะการต่อสู้ของพารเกียและเดียร์ก้า แต่ชาวเมืองพากันเข้าใจผิดว่าเป็นผีมือการกระทำของดาร์คไร โปเกมอนที่ได้ชื่อว่าเป็นฝันร้ายของชาวเมือง พวกซาโตชิ อลิสและโทนีโอ จึงร่วมมือกันช่วยเมืองนี้ ให้รอดพ้นจากความพินาศ

Determined to prove its superiority, a bio-engineered Pokémon called Mewtwo lures Ash, Pikachu and others into a Pokemon match like none before.

ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ คณะมารีน่าโชว์โปเกมอนใต้น้ำและ แจ็คกี้ ซึ่งเป็นโปเกมอนเรนเจอร์ มีหน้าที่ปกป้องเหล่าโปเกมอนแจ็คกี้ มาทำภารกิจนำไข่ของ เจ้าชายแห่งท้องทะเลกลับไปยังวิหารใต้ทะเล โดยมีโจรสลัด แฟนท่อม ตามไล่ล่าหมายจะชิงไข่นี้และแล้วไข่ก็ฟักตัวออกมาเป็น มานาฟี่โปเกมอนที่จะสามารถนำไปยังวิหารใต้ทะเล ในคืน ราหูอมจันทร์

In a future world, young people are increasingly becoming addicted to an illegal (and potentially deadly) battle simulation game called Avalon. When Ash, a star player, hears of rumors that a more advanced level of the game exists somewhere, she gives up her loner ways and joins a gang of explorers. Even if she finds the gateway to the next level, will she ever be able to come back to reality?

ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ ชีน่าและ เควิน ผู้พิทักษ์ โบราณสถานในเมืองชีน่า ชีน่าได้เล่าถึง ประวัติของดินแดนแห่งนี้ให้ฟัง หลังจากที่ อาร์เซอุส โปเกมอนในตำนานออกมาอาละวาดและตั้งใจจะ ล้างเผ่าพันธุ์ มนุษย์ ซาโตชิและเพื่อนๆ จึงได้ย้อนกลับไปในอดีต เพื่อแก้ไขอดีตที่ผิดพลาด

ดาวหางพันปีดวงหนึ่ง โคจรผ่านโลกเพียง 7 วันในรอบหนึ่งหมื่นปี ซึ่งเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่พวกซาโตชิเดินทางไปยังสวนสนุกเคลื่อนที่ “โปเกมอนพาร์ค” และได้รู้จักกับนักมายากล “เกรทบัลเลอร์” ผู้ปกครองรังไหมของโปเกมอนในตำนานพันปี “จิราชิ” ที่เชื่อกันว่า จะสามารถบันดาลพรให้ได้ตามปรารถนา และมีเพียงมาซาโตะเท่านั้นที่สามารถสื่อสารกับจิราชิได้ เรื่องราวการผจญภัยสุดมหัศจรรย์ในช่วง เจ็ดวันของซาโตชิ และ พิคาชู จึงเริ่มต้นขึ้น

จาการพยายามที่จะตามหาเซเลบี เจ้าโปเกมอนน้อย ทำให้เขาหลุถย้อนเข้าไปในอถีตถึง 40 ปี หลงเข้าไปอยู่ในป่าใหญ่เพียงลำพัง แต่ได้รับการช่วยเหลือจากหญิงผู้หนึ่งซึ่งอาศัยอยู่ในป่านั้น เขาไม่ละความพยายามที่จะติดตามหาเจ้าเซเลบี แม้จะ ต้องพบกับอุปสรรคและอันตรากเหล่านักล่าโปเกมอน

พูดถึงตำนานเรื่องเล่าการฟื้นคืนชีพกลับมาของผู้ล่วงลับ โดยใช้เด็กหญิงเป็นตัวดำเนินเรื่อง ให้ทุกคนสามารถผจญภัยไปกับเธอใน “อาการ์ธา” ดินแดนศักดิ์สิทธิ์ใต้พื้นพิภพ ซึ่งเชื่อว่าเป็นสถานที่สิงสถิตของผู้ล่วงลับ

The Kingdom of the People of the Earth once ruled over the land, but now all that remains is the Sword of the Earth. in the city of Eindoak. Satoshi, Iris, and Dent arrive in Eindoak during a harvest festival's Pokémon Tournament and meet the legendary Pokémon Victini who wishes to share its powers of victory to someone. Elsewhere in the city, a descendant of the People of the Earth named Dred Grangil has arrived who seeks to revive the kingdom's power with the Sword of the Earth, bringing them back into power over the land, and Satoshi and his friends must stop him before he destroys the land along with Victini.

Ash, Pikachu and his friends try and stop a pair of thieves hiding out in the canals and alleyways of Altomare, the age-old water capital. Joining the adventure are two new legendary Pokémon, a pair of siblings named Latias and Latios, who serve as peacekeepers and protectors of the Soul Dew - a priceless treasure with a mysterious power.

ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้เดินทางมาถึงเมืองไอนต์ออร์ค เมืองซึ่งส้าขึ้นล้อมรอบปราสาทที่เรียกกันว่าปราสาทดาบ พวกได้ร่วมแข่งขันโปเกมอนแบทเทิลในงานประจำปีของเมือง ซึ่งซาโตชิสามารถเอาชนะคู่แข่งได้ด้วยความช่วยเหลือจากโปเกมอนมายา วิคทินี! ซึ่งมีความผูกพันเป็นพิเศษกับตำนานเก่าแก่ของชนเผ่าปฐพีและปราสาทแห่งนี้ ... นอกจาก วิคทินี แล้ว ซาโตชิยังได้พบกับ เดร็ด ชายหนุ่มผู้ถูกเลือกจากโปเกมอนในตำนาน เรชิรัม เดร็ดนั้นพยายามที่จะรวบรวมชนเผ่าปฐพีที่แตกแยกไปอยู่ตามที่ตางๆให้กลับมารวมกันเป็นปึกแผ่น ณ อาณาจักรดั้งเดิมอีกครั้งแต่ภารกิจนี้เขาจะต้องใช้พลังของวิคทินีในการเคลื่อนย้ายปราสาทดาบ โดยหารู้ไม่ว่าการกระทำของเขานั้นจะนำมาซึ่งหายนะ ซาโตชิ พิคาชู เซครอม และเพื่อนๆจะสามารถแก้ไขวิกฤติในครั้งนี้ได้หรือไม่? การผจญภัยที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในแนวทางประวัติศาตร์โปเกมอนกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว!

ขณะที่พวกซาโตชิกำลังพักทานอาหารพวกเขาก็ได้เจอกับเชมี่ โปเกมอนขอบคุณที่หลงทางมา แล้วทุกคนก็ได้รู้ว่าเชมี่หลงทางมาก็เพราะกีราติน่าพาข้ามมิติไปมาระหว่างโลกย้อนกลับและโลกความจริงที่โลกย้อนกลับ ซาโตชิและฮิคาริได้พบกับมูเกน ศาสตราจารย์ที่ทำการค้นคว้าอยู่ที่นั่นถึง 5 ปี และการผจญภัยครั้งนี้ก็นำพาให้พวกเขาได้พบกับซีโร่ ชายผู้ต้องการครอบครองโลกย้อนกลับไว้แต่เพียงผู้เดียว พวกซาโตชิ เชมี่ และมูเกนจึงช่วยกันรักษาโลกย้อนกลับเอาไว้

ซาโตชิ พิคาชู และผองเพื่อนเดินทางมายังปราสทโอลแลนด์เพื่อร่วมงานรำลึกถึงอัศวินคลื่นพลังที่ปราสาทแห่งนี้ ที่นี่ทำให้ซาโตชิได้พบกับเรื่องราวของ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังที่หายตัวไปอย่างลึกลับ เหลือเพียงลูคาริโอ้ โปเกมอนคู่ใจที่ถูกสะกดไว้ในคฑาซึ่งซาโตชิได้ปลดปล่อยมันออกมาและเรื่องเลวร้ายก็เกิดขึ้นเมื่อปิ๊กะจูหายตัวไป ทำให้ซาโตชิและเพื่อนๆ ต้องออกตามหาจนรู้ว่าพิคาชูถูกมิว โปเกมอนขี้เล่นพามาที่ต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกที่ซึ่งมีอันตรายมากมาย ลูคาริโอ้จึงตามมาด้วยจนได้กับความลับของต้นไม้ผู้ให้กำเนิดโลกและดอกไม้แห่งกาล ที่นำพาพวกเขามาพบกับความจริงเรื่องตำนานของมิว และ อาร่อน อัศวินคลื่นพลังผู้เสียสละชีวิตตัวเองเพื่อปกป้องเมืองแห่งนี้

ซาโตชิ และเพื่อนๆ กำลังจะเดินทางไปที่เมือง คราวน์ซิตี้เพื่อไปดูการแข่งขัน โปเกมอนบัคเกอร์ แต่เมือง คราวน์ซิตี้กลับถูกปิดห้ามเข้าตัวเมือง เพราะ โซโรอาร์ด โปเกมอนในตำนานได้ออกอาละวาด กลางเมือง ซาโตชิ และเพื่อนๆ ได้เจอกับ โซโรอาโปเกมอนพูดได้โดยบังเอิญ จึงตัดสินใจเดินทางไปกับโซโรอาเพื่อช่วยโซโรอาตามหาโซโรอาร์ค ซึ่งโซโรอารักเหมือนแม่

ซาโตชิ และเพื่อนๆ เดินทางมาถึงเมืองรารูส ซึ่งเป็นเมืองสุดไฮเทคซึ่งเป้าหมายของพวกเขาคือ แบทเทิ้ลทาวเวอร์ สนามประลองโปเกมอน และที่นี่พวกเขาได้พบกับ ดร.รอนโด้ ผู้ทำการทดลองการคืนชีพของเดโอคิซิสซึ่งถูกเร็คคูซ่าฆ่าตายเมื่อหลายปีก่อน และวันนี้เร็คคูซ่าได้ปรากฏตัวขึ้นอีกครั้งในเมืองนี้ เพื่อตามล่าเดโอคิซิสที่กำลังจะคืนชีพอีกครั้ง การต่อสู้ระหว่างพวกมันจะดุเดือดเพียงใด และใครจะเป็นผู้ชนะ

It is 300 years into the future. Earth's environment had been devastated by mankind's own foolish plans and humankind is beleaguered by the sentient forests which they have awoken. The world balance is tipped when a young boy named Agito stumbles across a machine that glowed in a strange blue hue inside a forbidden sanctuary.

One day, Pikachu and its friends are walking along when they suddenly fall through a Diglett hole and into Pokémon Valley, a secret location that no one knows about. Pikachu and its buddies tell the Pokémon that they could use some help looking for Togepi, who fell through the hole first. The group sets off and eventually finds Togepi in the Exeggcute nest—but one of the Exeggcute is missing. That leads the group on another hunt; this time, though, Pikachu and its friends come back to the nest empty-handed. That’s when a storm begins to brew, filling Pokémon valley with roaring thunder and gusts of wind that almost blow the friends—and the Exeggcute nest—away! Are the friends going to be able to keep the nest safe and reunite the Exeggcute?

Pikachu and the gang learn responsibility, teamwork as well as cooperation during their Summer vacation at Pokemon Island.