Quando il padre di Molly, Spencer Hale, scompare durante un sopralluogo all'interno di alcune rovine la piccola rimane sola. Inconsapevole, spinge gli Unown a creare per lei il mondo che desidera e si convince che il padre sia diventato il pokémon Entei. Quando Entei rapisce la mamma di Ash, il ragazzo, accompagnato da Misty e Brock tenterà di fermare i misteriosi avvenimenti legati alla bambina, agli Unown e ad Entei.

Il film è ambientato un anno dopo gli avvenimenti della serie televisiva. I protagonisti vivono nella linea temporale Steins;Gate, ma Okabe continua ad avere nella sua mente dei deja vu delle linee temporali alfa e beta. La sua capacità di avere il reading steiner fa sì che l'esistenza di Okabe sia in qualche modo parallela alle due linee e venga negata nella linea Steins;Gate. Così Okabe svanisce nel nulla e nessuno più ricorda la sua esistenza. Ma Makise Kurisu sente di aver perso qualcosa di importante ed è decisa a reinventare la time leap machine per scoprire di cosa si tratta e trovare un modo per riportare indietro Okabe.

Ash, Brock e Lucinda giungono nella città di Alamos per partecipare ad una Gara Pokémon, dove vengono accolti da Alice e dal suo Chimchar. La ragazza li accompagna con la sua mongolfiera e si propone di fare da guida turistica: mostra loro il paesaggio, gli edifici, la Torre Spazio-Tempo ed i giardini della città. Mentre i Pokémon giocano nel giardino, Gallade avvisa Alice che qualcuno ha deturpato i giardini. Il Barone Alberto, cittadino eminente di Alamos, è convinto che il responsabile sia il Pokémon leggendario Darkrai.

Mewtwo è il primo Pokémon geneticamente modificato, creato in laboratorio, a partire dal DNA di Mew. Il Pokémon tuttavia è restio e non vuole diventare una cavia da laboratorio. Per questo motivo decide di distruggere il laboratorio usando i suoi poteri psichici. Successivamente Mewtwo stringe una alleanza con Giovanni, il capo del Team Rocket, che lo aiuta a sfruttare al massimo le sue capacità. Tuttavia tenta di ingannarlo, usandolo per i suoi scopi. Per questo motivo il Pokémon decide di ribellarsi, una volta giunto alla conclusione che gli esseri umani siano malvagi e che sfruttino i Pokémon come loro schiavi.

Sulla loro strada attraverso la Frontiera della Battaglia, Ash e gli amici si incontrano con un Pokémon Ranger la cui missione è quella di consegnare l'uovo di Manaphy a un tempio sul fondo dell'oceano. Tuttavia, un avido pirata vuole il potere di Manaphy per sé.

In un futuro prossimo una gioventù totalmente disillusa si costruisce una realtà alternativa: un guerriero virtuale e illegale di nome Avalon, con riferimento all'isola leggendaria in cui riposano le anime degli eroi. I partecipanti al gioco ne diventano dipendenti al punto da ritrovarsi decerebrati come fossero vittime di una droga. Chi cede viene definito 'non-ritornato'. Ash è una ragazza che si guadagna da vivere passando in continuazione dal mondo reale a quello virtuale di Avalon. Un giorno scopre che un esperto del gioco, Murphy, è finito tra i 'non-ritornati' perché aveva cercato di entrare in un'area proibita del gioco.

Ash, Brock e Lucinda raggiungono la città di Michina dove conoscono Sheena e incontrano tre pokémon leggendari. Verranno portati indietro nel tempo nel tentativo di restituire il Gioiello della Vita al mitico Arceus.

Ash, Pikachu e i loro amici (tranne Misty) stavano visitando un festival per l'apparizione di una cometa, quando si imbattono in un misterioso cristallo di roccia...

Pikachu, Ash e tutti i Pokemon devono combattere un nemico senza pietà che riesce a catturare Celebi, un rarissimo Pokemon verde in grado di viaggiare nel tempo, mettendo in pericolo l'intera foresta. Solo il coraggio di Ash e l'inesauribile energia di Pikachu possono salvarli.

La narrazione si incentrerà su Asuna, una misteriosa fanciulla che vive le sue giornate in solitudine, accompagnata unicamente dalla musica trasmessa da una speciale radio di cristallo. L'oggetto, a lei molto caro, le fu regalato dal padre in modo che lo potesse ricordare nel tempo. Un giorno, deciderà di intraprendere un viaggio per rincontrarsi con un ragazzo, da lì avrà inizio un'emozionante avventura. Asuna proverà nuovamente cosa voglia dire la separazione tuttavia durante il suo percorso scoprirà non solo la crudeltà ma anche le bellezza del mondo.

Quando Ash e i suoi amici partecipano al torneo nella città di Eindoak, incontrano il mitico Pokémon Victini che diventa il loro nuovo amico. Ma i problemi iniziano quando il malvagio Damon cattura Victini per i suoi piani.

Nella magica città di Altomare, costruita da complessi canali e labirinti, Pikachu, Ash e tutti i loro amici si trovano ad affrontare due famose ladre senza scrupoli che tenteranno di rubare un gioiello di alto valore con terrificanti e pericolosi poteri.

Nel corso del loro viaggio, Ash, Iris e Spighetto si trovano coinvolti nel rivivere di un'antica leggenda che li porterà ad incontrare i mitici Reshiram, Zekrom e Victini e ad affrontare una dura battaglia. Il lungometraggio, uscito in contemporeanea con Pokemon Nero e Bianco Il film: Nero - Victini e Reshiram, presenta la stessa trama ma differisce per alcune ambientazioni, Pokemon o caratteristiche grafiche.

C'è uno scontro tra i Pokémon leggendari Dialga e Giratina in un universo parallelo: il Mondo Inverso. Nella sfida viene anche trascinato, contro il suo volere, Shaymin, il Pokémon Gratitudine. Shaymin tramite la mossa Infuriaseme, un attacco che assorbe tutte le polveri e i detriti grazie ai fiori che crescono sulla schiena del Pokémon, apre un varco verso il Mondo Reale e viene trascinato dal vortice, seguito a ruota da Dialga, riuscitosi a liberare dalla morsa di Giratina. Quest'ultimo tenta di seguire Dialga oltre il portale, ma invano poiché è stato intrappolato in un "ciclo temporale".

Nel leggendario passato, prima che le Poké Ball fossero inventate, un Pokémon eroe aura-guida di nome Lucario percepì due gruppi di eserciti in procinto di scontrarsi e la minaccia di una guerra massiccia davanti al castello di Oldoran, nel Kanto, che non avrebbe lasciato superstiti. Ha trasferito questo messaggio al suo padrone, il leggendario eroe Arlon, mentre veniva attaccato da un violento gruppo di Hellgar. Durante la battaglia, il suo senso della vista andò perso e fu reso incapace di vedere. Usò l'individuazione della sua Aura, e così con l'offensiva Wave Bomb li eliminò. Nonostante la minaccia, la regina di Rota, Lady Rin era decisa a morire con i suoi civili, e così Arlon fece una scelta.

Il tredicesimo film della serie Pokémon parla del pokémon di quinta generazione Zoroark. Dopo una battaglia contro il Donphan di Armonio, l'allenatore Ash Ketchum, insieme a Lucinda e Brock assiste in televisione ad un incontro di calciocanestro Pokémon, Ash ed i suoi amici vogliono recarsi a Coronopoli per assistere agli incontri. Nel viaggio i nostri amici vedono un pokémon cadere dal cielo, è Zorua.

Un meteorite precipita su un territorio artico. Dall’impatto emerge Deoxys, Pokemon proveniente dallo spazio. Sentendosi minacciato, Rayquaza, Guardiano dei Cieli, inizia ad attaccarlo.

Per cercare di ripopolare la vegetazione terrestre un gruppo di scienziati tenta un esperimento senza precedenti, sfruttando l'ingegneria genetica alcune piante vengono rese più resistenti e piantate sulla Luna. Sfortunatamente l'esperimento sfugge al controllo e le piante riescono, moltiplicandosi a ritmo vertiginoso, ad attraversare lo spazio e ad arrivare sul pianeta terra, dove nel giro di pochi anni prendono il controllo del pianeta soffocando la civiltà umana.

Durante una vacanza in campeggio mentre Ash e i suoi amici riposano Togepi si perde. Verrà salvata da Pikachu e soci con l'aiuto di tantissimi nuovi Pokemon della foresta.

Ash, Brock, Misty e Pikachu arrivano in un luogo fatto appositamente per i Pokémon. Gli Allenatori lasciano che i loro Pokémon lo raggiungano e, arrivati, subito si dividono. Mentre quasi tutti corrono via, Pikachu resta con Bulbasaur, Squirtle, Psyduck e Togepi. Quest’ultimo si mette a piangere per la fame e Pikachu e Squirtle cercano di calmarlo facendogli un po’ di smorfie buffe, ma lui non smette. Squirtle se ne va deluso e vede una mela su un albero; avvisa subito il gruppo e Togepi si calma vedendola. Bulbasaur la fa cadere col suo attacco Foglielama, ma accidentalmente, cade vicino a Psyduck che, senza pensarci due volte, se la mangia e Togepi ricomincia a piangere. Allora, Bulbasaur lo prende con le sue liane, lo solleva in aria cominciando a canticchiare una dolce melodia e, finalmente, il piccolo Pokémon smette grazie alla “ninna nanna” di Bulbasaur. Togepi, alla fine, si addormenta.