De lange reis van de gebroeders Elric eindigt in deze epische slotaflevering waarin ze het moeten opnemen tegen een onaardse dreiging in het hele land.
In deze sequel op de eerste speelfilm ontmoeten de Elric-broers hun sterkste tegenstander tot nu toe: een eenzame seriemoordenaar met een groot litteken op zijn voorhoofd.
In 2067 begint de mensheid in te zien dat de voortschrijdende ontwikkeling van robot-technologie grote negatieve gevolgen heeft voor de humanitaire kant van de mens. De VN neemt hierop een resolutie aan die de verdere ontwikkeling van deze zogenaamde cybertechnologie verbiedt. Japan, onder druk van het enorme bedrijf Daiwa Heavy Industries, marktleider in deze sector, wijst de resolutie af, trekt zich terug uit de VN en schermt zich af met een elektronisch schild. Het raakt hierdoor compleet afgezonderd van de wereld. Vexille is een jonge, vrouwelijke Special Agent van een eenheid in L.A. die cybertechnologie-criminaliteit onderzoekt. Ze komt in aanraking met een hoge baas van Daiwa en het blijkt dat hij gedeeltelijk robot is, zijn vlees is vervangen door bio-metaal. De wereld raakt ervan overtuigd dat er foute zaken gaande zijn in Japan...
Toen Edward Elric en zijn jongere broer Alphonse klein waren overleed hun moeder. De broers proberen hun moeder te doen herleven en een menselijke transmutatie uit te voeren die taboe is in alchemie.
Het land Orlais is in donkere tijden beland. Cassanda, een jonge heldin, moet zich staande houden in deze wereld waar tempeliers, magiërs en draken een oorlog voeren. Cassandra moet een samenzwering voorkomen die het voortbestaan van de meest belangrijkste religieuze organisatie in het land bedreigd. Ze wordt beschuldigd van landverraad en het redden van Orlais is de enige manier om haar eer terug te verdienen en haar verleden achter zich te laten.
The first segment called "Elliptical Orbit" is about a ship called the Flying Dutchman returning to Earth after an extended absence with a cargo of "protons" to be used for energy. A terrorist group with military combat suits boards the station they dock with intending to use the proton cargo as a massive bomb. The second segment, "Symbiotic Planet", is a story of two secret lovers from opposing sides of a conflict trying to build a life together.