Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa.

Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale.

Tandis qu'aux Jeux Olympiques des athlètes battent une série de records dans plus de dix disciplines, Black Jack, le chirurgien de l’extrême, confronté à la mort d'une fillette qu'il n'a pu sauver, découvre ses organes internes incroyablement vieillis.

Nous sommes à Tokyo dans un futur indéterminé. Alors que la puissante famille Hogetsu dirige et surveille 90 % de la terre du haut d'un satellite, les habitants de la planète bleue ont fini par se laisser dominer avec la certitude de vivre ainsi en paix. Mais cette nouvelle vie n'est pas au goût de tout le monde puisque, en effet, une petite poignée de rebelles se décide donc à renverser cet empire érigé dans le sang. Dans un quartier délabré de Shinjuku, l'une des seules zones neutres de la terre, une jeune femme, du nom de Seria, rencontre et recueille le seul survivant d'un groupe de rebelles en fuite. Pendant ce temps, sa meilleure amie, Meï, fait la rencontre fortuite d'un sombre et mystérieux personnage se faisant appeler « Darkside ».

Black Jack is approached by a defecting soldier and his wife with a plea to help their son, who is afflicted with a rare disease. Although it might already be too late for the boy, Black Jack is able to save the child. But at what cost?