Agenten Kay en Jay zijn lid van een top-secret organisatie die in het leven is geroepen om de buitenaardse wezens op aarde in de gaten te houden. Als een buitenaardse terrorist dreigt enkele zonnestelsels te vernietigen, moeten ze in actie komen.

Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.

Amir en Hassan zijn gevoed door dezelfde min en groeien samen op in de hoofdstad van Afghanistan. Bij de jaarlijkse vliegerwedstrijd in Kabul is Amir de vliegeraar, degene die het touw van de vlieger in handen heeft.

American CIA operative Robert Ames attempts to forge a healthy relationship between the U.S. and nations in the Middle East, but tragedy strikes in 1983 when a bomb detonates outside the American Embassy in Beruit.