Men in Black følger agenterne K (Tommy Lee Jones) og J (Will Smith), der arbejder for en tophemmelig organisation, som har til opgave at overvåge alle rumvæseners aktiviteter på Jorden. De to sortklædte mænd havner midt i et livsfarligt plot, der er udtænkt af en intergalaktisk terrorist (Vincent D’Onofrio), som er ankommet til Jorden for at snigmyrde to ambassadører fra modstødende galakser. K og J’s opgave går ganske enkelt ud på at fange rumskurken og forhindre verdens undergang. Og det er venstrehåndsarbejde for de to mænd i sort.

Under en rutineopgave opdager Agent J (Will Smith) en djævelsk plan af det onde monster Serleena (Lara Flynn Boyle), der er forklædt som sexet undertøjsmodel. Da Serleena tager hele MIB-bygningen som gidsel, søger Agent J hjælp hos sin gamle makker, Agent K (Tommy Lee Jones), der nu arbejder på et posthus, og har fået slettet alle sine erindringer om sin tid hos MIB. Sammen må de kæmpe for at redde Jorden, galaksen og MIB fra universets skumle slyngler. Heldigvis har de medbragt masser af ammunition...

I et opdelt land på randen af krig er to små drenge, Amir og Hassan, på trods af deres forskelle de bedste venner. Årets store højdepunkt i Kabul er en uskyldig dragekonkurrence, der en herlig eftermiddag fylder himlen med opmuntrende glæde. Men i kølvandet på dagens sejr følger en skræmt drengs forræderi og en episk søgen for tilgivelse. Efter at have boet 20 år i USA, vender Amir tilbage til et farefuldt Afghanistan styret af Taleban, for at konfrontere fortidens mørke hemmeligheder, der stadig plager ham. Og han tager en sidste vovet chance for at gøre uret god igen.

American CIA operative Robert Ames attempts to forge a healthy relationship between the U.S. and nations in the Middle East, but tragedy strikes in 1983 when a bomb detonates outside the American Embassy in Beruit.