As the conflict that began in Magical Girl Lyrical Nanoha: Reflection continues to escalate, Nanoha and her allies soon find out the troubled history between Iris and Yuri, which is related to the tragedy of Eltoria's "Planet Reclamation Committee".

Episode 0 "Kanwanidai (two subepisodes: Sekirei Shindan & Sekirei Yoka)" of Sekirei ~Pure Engagement~ released on the first DVD and BD volume.

Zes maanden zijn verstreken sinds de gebeurtenissen van de vorige film. Fate Testarossa is teruggekeerd naar Uminari City, samen met Lindy Harlaown, haar voogd en leeft het leven van een normaal basisschool meisje samen met Nanoha Takamachi en haar vrienden. Het weerzien tussen de twee nieuwe vrienden wordt echter abrupt onderbroken, wanneer ze worden aangevallen door vier oude magische gebruikers die zichzelf als de "Wolkenritter" identificeren. Als de motieven achter de acties van de Wolkenritter duidelijker worden, bevinden Nanoha en Fate zich in een race tegen de klok om de heractivering van een zeer gevaarlijk artefact bekend als "The Book of Darkness" te stoppen.

The series focuses on the adventures of Arata Kasuga, a high school student, who is targeted by Lilith, a teacher at a mystical school. Given three choices in an effort to help save the breakdown phenomenon of the world by evil forces and while attempting to solve the mystery of his beloved cousin and childhood friend, Hijiri, who disappeared to a difference space.

The planet Eltria, having suffered severe desertification in the past, has all but been abandoned. Against her older sister's wishes, Kyrie Florian travels to Earth alongside her best friend, the AI Iris, in search of the key to their planet's regeneration. However, the only way to find it lies within the Tome of the Night Sky, leading them into conflict with Nanoha and her friends.

Takamachi Nanoha is een normale derde-jaars student die zich nutteloos en out-of-plaats voelt en enkel doel voor ogen heeft. Dan op een dag, redt ze een fret, welke een magisch dier blijkt te zijn van een andere planeet, die naar deze planeet kwam om te zoeken naar juweel zaden. Nanoha stemt in om te helpen, maar deze taak wordt ingewikkeld wanneer een ander meisje arriveert en de juweel zaden steelt.