Vanuit het riool komen de Ninja Turtles New York binnen en vechten ze tegen kwaadaardige krachten die hun verbeelding te boven gaan. Ga samen met de broers Leonardo, Raphael, Donatello en Michelangelo de strijd aan tegen robot-Kraangs, gemuteerde slechteriken en de meedogenloze leider van de Foot Clan, Shredder.

Leonardo, Raphael, Michaelangelo and Donatello must save New York City from the evil crime lord Shredder and his assistant, Baxter Stockman. The Turtles must fight foot soldiers, mice, and gangs and get help from their sensei Splinter, her friend April O'Neil, and her partner Casey Jones in an action-packed new series.

Wanneer de Teenage Mutant Ninja Turtles Mutastones verwerven van Crys-Mu, de geest van het licht, verwerven ze het vermogen om zichzelf gedurende drie minuten te verbeteren tot Super Turtles. Ondertussen stuiten de kwaadaardige Shredder en zijn handlangers Bebop en Rocksteady op de Dark Mutastone, die hen verandert in respectievelijk Devil Shredder, Supermutant Bebop en Supermutant Rocksteady. Maar de Turtles hebben nog een trucje in petto: ze kunnen alle vier gecombineerd worden tot hun ultieme vorm: Turtle Saint.