Εφτά χρόνια μετά την ανάκτηση της μνήμης του και την εξαφάνισή του, ο Τζέισον Μπορν ξαφνικά επιστρέφει σε μια εποχή που ο κόσμος είναι πιο ασταθής από ποτέ άλλοτε, για να αποκαλύψει την κρυμμένη αλήθεια για το παρελθόν του. Την ίδια στιγμή, ένα νέο πρόγραμμα δημιουργείται για να τον εντοπίσει και να τον εξουδετερώσει.
Ο Άαρον Κρος είναι μέλος της επιχείρησης Outcome, ένα από τα σκοτεινά προγράμματα του υπουργείου άμυνας. Σε αυτό, παρέχονται πράσινα χάπια που αυξάνουν τη φυσική δύναμη και μπλε που αυξάνουν τη νοητική. Ο Κρος μεταφέρεται στην Αλάσκα για εκπαιδευτική αποστολή κι εκεί γνωρίζει ένα άλλο μέλος της οργάνωσης, το Νούμερο 3. Την ίδια ώρα, οι αποκαλύψεις του Τζέισον Μπορν έχουν οδηγήσει σε έρευνα του FBI. Αποτέλεσμα είναι να παρθεί η απόφαση να καταργηθεί πλήρως η οργάνωση, ακόμα και να εξολοθρευτούν όσοι πράκτορες συμμετείχαν σε αυτήν. Στο στόχαστρο μπαίνει και καμπίνα που έχουν καταλύσει ο Κρος με τον 3. Ένα βλήμα θα την καταστρέψει, αλλά ο Κρος θα επιβιώσει, παρότι θεωρείται νεκρός.
Former Navy SEAL and prisoner of war, Paul Janson, works as a corporate security consultant, but when an assignment to rescue a VIP goes wrong, he's forced to go on the run.