Nachdem Jason Bourne nicht nur sein Gedächtnis, sondern auch seine Freundin verloren hat und einen eigenen Feldzug gegen die ihn jagende CIA antrat, um endlich hinter das Geheimnis seiner Vergangenheit zu gelangen, ist er mithilfe von Nicky Parsons untergetaucht. Doch das Leben eines auf der Flucht lebenden Agenten mit besonders modifizierten Fähigkeiten kann nie lange ruhig bleiben. Denn inzwischen weiß Jason Bourne zwar, wer er ist, aber nicht, was diejenigen, die ihn erschaffen haben, mit ihm vorhatten. Also versucht er – verfolgt von der CIA – die versteckten Wahrheiten in seiner Vergangenheit zu finden.
Nach dem Debakel mit Jason Bourne sieht sich die CIA erneut einer bekannten Drohung gegenüber, als ein weiterer abtrünniger Geheimagent auftaucht.
Former Navy SEAL and prisoner of war, Paul Janson, works as a corporate security consultant, but when an assignment to rescue a VIP goes wrong, he's forced to go on the run.