Era o amanhecer da terceira era da humanidade, dez anos depois da guerra Terra/Minbari.O Projeto Babylon era um sonho que tomou forma. Seu objetivo, evitar outra guerra criando um lugar onde os humanos e aliens pudessem acertar suas diferenças pacificamente. É um porto de chamada - um lar longe do lar para diplomatas, andarilhos, empresários, e vagabundos. Humanos e aliens envoltos em dois milhões, quinhentas mil toneladas de metal, sozinho na noite. Pode ser um lugar perigoso, mas é nossa melhor esperança de paz. Esta é a história da última das estações Babylon. O ano é 2258. O nome do lugar, BABYLON 5.
No ano de 2278, o imperador Londo Mollari conta para duas crianças do palácio a história de seu envolvimento na guerra entre os humanos e a raça Minbari.A guerra começou devido ao disparo acidental de uma nave de contato da aliança terrestre, que causou a morte do líder espiritual Dukhat, levando o setor guerreiro da federação Minbari a dar início a uma guerra santa contra a raça humana. Durante 5 anos, a guerra quase dizimou os humanos, mas foi interrompida devido a uma descoberta inesperada. Os frutos dessa guerra dariam origem ao projeto Babylon, que eventualmente seria a estação espacial Babylon 5, destinada a manter a paz entre os impérios com mais poder na galáxia.
Um patrulheiro, que caiu em desgraça, assume comando de uma nave assombrada para uma missão de escoltar um grupo de embaixadores que estão indo visitar um planeta com uma escavação arqueológica.
Um artefato antigo é encontrado no hiperespaço. A tripulação da estação espacial Babylon 5 traz o artefato a bordo. O artefato altera o estado mental da população da estação e ameaça a vida de todos.
No ano de 2267, John Sheridan começa a ter visões de um ser chamado Galen, que avisa a chegada de uma nova ameaça ao universo. Sheridan e Michael Garibaldi inspecionam seu novo projeto, a construção de uma nova nave estelar. Contudo, ex-aliados das sombras buscam vingança contra Sheridan e a aliança terrestre após sua derrota na guerra das sombras, e se infiltram no projeto de construção da nava Excalibur. Eles também conseguem se apoderar de uma arma capaz de devorar o planeta Terra.
Um grupo de caçadores de almas visitam Babylon 5, exigindo o retorno de um artefato que foi roubado do mundo deles. O arqueólogo que se apropriou do artefato viajou para a estação. As tensões crescem quando a capitã Lochley descobre que o arqueólogo trabalha para a indústria Edgars, cujo diretor é seu velho colega Michael Garibaldi.