Kokoillan elokuvan mittainen avaruusseikkailu kronikoi avaruusmetropolin historian virstanpylväät. Babylon 5 on ihmiskunnan portti universumin saloihin ja toivo maailmankaikkeuden rauhasta. Kokoontuminen, sarjan pilottijakso, kertoo tarinan tähtienvälisestä neuvonpidosta, jossa tavoitteena on neuvotella kestävä aselepo - jos salamurhaajan aikeet eivät suista orastavaa rauhanprosessia julmasti radaltaan.

Tie Babyloniin sijoittuu avaruusaseman syntyä edeltävälle vuosikymmenelle ja kuvaa Maan ja Minbarin välisen sodan myrskyisiä ja traagisia tapahtumia, jotka muokkasivat tähtien välisiä suhteita ja loivat pohjan universaalin turvasataman synnylle.

Rajavartijat, sotapappien lahko, on vaeltanut tähtien välisessä pimeydessä yli tuhat vuotta, suojaten satoja maailmoja invaasiolta ja tuholta. Mutta nyt uusi muukalaistne uhka ilmaantuu Tähtiallianssin horisontiin - voima, joka on muinaisempi ja voimakkaampi kuin mikään aiemmin kohdattu. Tämän uuden rodun tiellä on vain yksi este: yksinäinen rähjäinen Rajavartija-alus, jota komentaa David Martel ainoana käskynään saattaa suurlähettiläs G'Kar tähtienväliseen konferenssiin. Yksin ja lähes aseetta heidän on voitettava vihollinen, jollaista he eivät ole koskaan ennen tavanneet.

Eletään aikaa varjosodan jälkeen, mutta ennen konfliktia Maan kanssa. Avaruusaseman miehistö uhmaa kuolemaa pelastaakseen salaperäisen ja pahaenteisen portin, jonka kautta he voisivat matkata uuteen ulottuvuuteen... tai vapauttaa sen, mikä toisella puolella odottaa.

Elokuvan tapahtumat sijoittuvat viisi vuotta Tähtienvälisen Allianssin perustamisen jälkeiseen aikaan eli neljä vuotta varsinaisen sarjan jälkeen. Michael Garibaldi (Jerry Doyle) on nykyään Edgar Industriesin johtaja ja yritys on saanut tehtäväksi rakentaa ensimmäistä kertaa Maan, Minbarien ja Vorlonien teknologiaa yhdistäviä avaruusaluksia Allianssin käyttöön. Garibaldi on tarkastamassa Excalibur -aluksen valmistumista Allianssin presidentti John Sheridanin (Bruce Boxleitner) kanssa kun teknomaagi Galen ottaa häneen yhteyttä ja varoittaa Maata mahdollisesti kohtaavasta tuhosta ja vain Sheridan pystyy estämään tapahtuman.

Arkeologi tuo avaruusasema Babylon 5:lle varastetun reliikin, ja sielujen saalistajat - kuolematon laji, joka saalistaa ja vangitsee sieluja ikuisiksi ajoiksi - piirittävät kaukaisen aseman. Babylon 5 joutuu kahden vihassaan leppymättömän voiman ahdistamaksi: toisaalla ovat sielujen saalistajat ja toisaalla raivostuneet sielut, jotka ovat paenneet saalistajiensa käsistä.