Året är 2258 och det är hundra år efter att människan börjat kolonisera rymden. Rymdstationen Babylon 5, som är åtta kilometer lång och inhyser 250.000 humanoider, de allra flesta människor (58%), men även 14 olika raser av utomjordingar. Stationen är byggd av Jordalliansen, som är namnet för ett presidentsystem som består av Jorden och ett antal kolonier på andra planeter.

Stationen ligger strax utanför Jordalliansens rymd, och är avsedd att vara en neutral plats där representanter för Jordalliansen och andra civilisationer kan mötas och verka för fred. De viktigaste ambassadörerna representerar Minbari, Centauriska republiken, Narn och Vorlonernas hemvärld. Fredstanken går dock snart förlorad, och de politiska intrigerna växer till en kamp som hotar att förgöra samtliga civilisationer.

Året är 2267, fem år efter händelserna i Babylon 5, och strax efter tv-filmen A Call to Arms. En ras som kallas Drakh har släppt ut ett nanovirus på jorden och med det skapat en pandemi som kommer att utrota allt liv på jorden inom fem år om den inte stoppas. För detta ändamål har skeppet Excalibur sänts ut för att leta efter något som skulle kunna hjälpa sökandet efter ett botemedel.