Flintstonovci a Rubblovci sú moderné rodiny doby kamennej a žijú s osvojenými dinosaurami v pravekom mestečku Bedrock. Fred Flintstone a Barney Rubble pracujú v kameňolome banskej spoločnosti Slate and Comp. Fred s manželkou Vilmou už vychovávajú podarenú dcérku Pebbles, ale Barney je bezdetný. Starostlivý Fred venuje bezdetnému Barneymu peniaze, aby si mohol s manželkou Betty adoptovať dieťa. Keď Fred a Barney podstupujú kvalifikačný test na pozíciu nového zástupcu viceprezidenta spoločnosti, Barney vymení svoj výborne prepracovaný test za Fredov nepodarený, aby sa mu odvďačil. Fred získava vedúcu výkonnú pozíciu v podniku, spyšnie a správa sa povýšenecky. Nevšimol si pritom, že je iba nastrčenou figúrkou v špinavej hre majiteľa firmy Cliffa Vandecarva a jeho sekretárky Sharon Stoneovej, ktorí ho skorumpovali, aby prevzal zodpovednosť za prepustenie všetkých robotníkov po nákupe automatickej výrobnej linky. Kto zachráni nešťastného Freda?

Scooby-Doo a partia Záhad s.r.o. cestuje do Škótska na prázdniny a neočakávane sa ocitne tvárou v tvár najväčšej záhade všetkých čias s Lochnesskou príšerou! Naozaj existuje? Početné dôkazy naznačujú, že áno! Dokáže Scooby a jeho partia vyriešiť jednu z najväčších záhad histórie?

Shaggy, Scooby, Velma, Fred a Daphne sa rozhodnú prijať pozvanie čudáckeho autora hororových románov Bena Ravencrofta, aby prišli do jeho rodného mestečka to Oakhaven. Ibaže keď tam konečne dorazia, zistia, že v mestečku straší! A to duch miestnej čarodejnice... Ben je presvedčený, že ide o ducha jeho pra-pra-pra... Skrátka prababičky jeho dávnych predkov, krásnej Sarah Ravencroftovej, ktorú kedysi mestskí radní obvinili z čarodejníctva! Ben si je však istý, že ju obvinili a odsúdili neprávom – a chce, aby naši priatelia našli jej stratené denníky a očistili tak jej pošpinené meno...

Keď sa Scooby-Doo a jeho partia pokúsia chytiť vírus Fantóma, nešťastnou náhodou sú vtiahnutí do počítačovej hry, ktorá je založená na ich vlastných dobrodružstvách. Zatiaľ čo prenasledujú zlý vírus, musia prejsť úskaliami všetkých desiatich náročných úrovní hry, cestujú časom od prehistorických dôb až do ďalekej budúcnosti, kde sa dokonca stretávajú so strašidlami z ich najslávnejších prípadov.

With Mystery, Inc. on the tail of a strange object in Nowhere, Kansas, the strange hometown of Eustice, Muriel, and Courage, the gang soon find themselves contending with a giant cicada monster and her winged warriors.

Mystery Inc. has cracked the case to top all cases! They’ve tracked down Coco Diablo, the head of a notorious costume crime syndicate. With Coco and her kitty in prison, Mystery Inc. thinks that they can finally enjoy a break. Wrong! Suddenly, menacing doppelgänger ghosts of the Scooby crew and favorite classic foes show up in Coolsville to threaten Halloween. Now it’s up to the meddling kids to unmask the latest scoundrel and save Halloween!

Najustrašenejší hovoriaci pes na svete menom Scooby-Doo a jeho priatelia Shaggy, Velma, Daphne a Fred sa ocitnú na ostrove duchov hlboko v močiaroch Louisiany. Hoci počítali s tým, že tu natrafia na ducha pirátskeho kapitána Moonscara, dosť ich zaskočí, keď zistia, že sa to na tomto tajomnom a vskutku desivo pôsobiacom ostrove hrôzostrašnými stvoreniami len tak hemží!

Shaggy, Scooby-Doo a Mystery Inc. sa idú pozrieť na Havaj, kde sa koná slávna súťaž surferov. Na mieste však zistia, že sa k životu prebudilo nebezpečné monštrum.

Členovia spoločnosti Záhady, s. r. o., smerujú na juh za zaslúženým odpočinkom, ale v meste Veracruz natrafia na nečakané problémy s obrovskou obludou s desivo planúcimi zelenými očami! Keď zohraná partia amatérskych detektívov zistí, že ich kamarát musí kvôli oblude predať hotel, všetko sa ešte viac zamotá. Scooby-Doo, Shaggy a ich priatelia majú čo robiť, aby urýchlene vyriešili túto čudesnú mexickú záhadu a s húfom prízrakov - obrími operenými hadmi počnúc a vlkolačími duchmi končiac - sa porátali skôr, než obluda z Veracruz opäť zaútočí.

Mimozemšťana Gazooa vyšlú na Zem v dobe kamennej, aby preskúmal miestne metódy rozmnožovania. Po pristátí v Bedrocku si ako objekt vedeckého záujmu vyberie hromotĺckeho brontožeriavnika Freda Flintstona a donúti ho nájsť si partnerku. Fred si naozaj padne do oka s kráskou Vilmou Slaghoopleovou. Tá utiekla od bohatých rodičov, pretože afektovaná a snobská matka Pearl ju nútila do svadby s Chipom Rockefellerom. Odvrhnutý ženích pozve Vilmu a svojho soka aj s ich priateľmi Barneyom a Betty do nového kasína v Rock Vegas s podlým zámerom zmocniť sa Vilmy a najmä jej vena.

Strachopud Scooby-Doo a jeho priatelia sa vyberú výletnou loďou na plavbu do legendami opradeného Bermudského trojuholníka – a na ich veľkú smolu sa ich spočiatku príjemne oddychová plavba zakrátko zmení na ďalšie mysteriózne dobrodružstvo! Na lodi sa totiž zjavia duchovia dávno mŕtvych pirátov, ktorí pátrajú po zdanlivo bezcennom poklade, ku ktorému má kľúč ktosi na palube – niekto z posádky či množstva hostí! A tak Scooby a jeho partia musia čo najskôr odhaliť všetko o tajomnom poklade a legende, ktorá sa k nemu viaže – inak budú musieť prejsť po neslávne známej lávke smrti a stanú sa potravou pre morské ryby!

Scooby a jeho partia uviazla vo vzdialenom púštnom meste. Potom, čo Shaggy a Scooby utekajú pred mimozemšťanmi a sú vtiahnutí na kozmickú loď, sa zamilujú. Po krátkej dobe nájdu jaskyňu, kde sú dôkazy, že mimozemšťania nie sú skutoční, ale adrenalín im poriadne stúpne, keď sú prichytení a takmer hodení do hlbokej diery.

Scooby-Doo spolu so Scrapym a Shaggym sú pozvaní na tréning volejbalu do školy príšeriek, ktorá sa snaží získať pohár nad susednou policajnou akadémiou. Spoločne potom bojujú proti zlej čarodejnici Revolte, ktorá uniesla niekoľko príšeriek.

Scooby-Doo a jeho partia narazia na starých známych darebákov, ktorí sú trochu nad ich sily, a tak im na pomoc priplachtí sám Temný rytier v maske s plášťom – Batman! Keď ho potom začne trápiť jeden nevyriešený prípad z minulosti a tajomný zločinec v červenom plášti sa chystá ovládnuť mesto Gotham, obráti sa Batman na oplátku na Záhady s.r.o., aby mu pomohli prípad vyriešiť. Bude ich nasadenie stačiť k rozlúšteniu záhady a zmareniu plánov tých najhorších ničomníkov, akých kedy svet poznal?

Scooby a jeho partia sa zúčastní zhromaždenia komiksových fanúšikov, ktoré má nečakaný priebeh. Komiksoví záporáci totiž ožívajú v skutočnom svete. Scoobyho partia musí zachrániť zhromaždenie i očakávanú premiéru komiksového filmu.

Shaggyho strýko synovcovi odkázal značné dedičstvo v ukrytých šperkoch. Scooby a Scrappy sa k nemu pridávajú, aby sa pustili do pátrania, ktoré ich vedie rôznymi padacími dverami a podzemnými tunelmi starého zakliateho zámku Beauregard! Hľadači pokladov sú vystrašení duchom Shaggyho strýka, a tak si na pomoc privolajú nadprirodzené stvorenia, bratov Boových.

Scooby Doo a Shaggy sa musia postaviť Kráľovi škriatkov, čo vyžaduje značnú odvahu. Kúzelník Krudsky totiž ukradol magické svetlo a ak ho dvojica hrdinov nezastaví, všetci sa premenia na desivé príšery. Pri ceste do fantastickej krajiny Halloween sa stretávajú s bezhlavým jazdcom a ďalšími postavičkami, ktoré im pomôžu vykonať to, čo je potrebné.

Wilbur the pig is scared of the end of the season, because he knows that come that time, he will end up on the dinner table. He hatches a plan with Charlotte, a spider that lives in his pen, to ensure that this will never happen.

Santa has an accident at Fred's house on Christmas Eve, Fred and Barney have to continue his run for him.

Scooby a Shaggy sa zúčastnia súťaže v jedení hamburgerov a vyhrajú. Prvou cenou je zájazd do Hollywoodu, kam vezmú aj svojich kamarátov - Freda, Velmu a Daphne. Po príchode idú na prehliadku krachujúcich Brickton Studios, kde sa natáčali slávne horory a filmy o príšerách. Pri bráne ich privíta mladý študent, ktorý je tam zamestnaný ako chlapec pre všetko. Počas prehliadky sa na scéne objavia filmové príšery a Scooby-Doo a jeho kamaráti na vlastnej koži spoznajú, čo je to strach. Fred dostane nápad, že zostrihá zábery, ktoré zaznamenali bezpečnostné kamery. Hororový film má obrovský úspech a štúdiá pána Bricktona sú zachránené.