绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里......
收集到关都八个道馆徽章的小智与他的同伴，某日，和海盗风格的训练家(台译：美国男)战斗完后，忽然收到快龙送来的信，内容说是要邀请他们和“全世界最强的训练家”会面，地点是新岛的神奇宝贝城，他们就毫不迟疑的前往。然而这其实是被人类以复制方式所创造出的神奇宝贝—超梦为了报复，所设下的陷阱。而这时，在亚马逊丛林的深处，梦幻也感受到超梦的存在而苏醒，一场“本尊”和“分身”间的战争即将展开。
在橘子群岛一带旅行的小智等人，某日在乘船时意外被暴风雨吹至当中的一个岛屿-亚西亚岛，当地适逢庆典，他们结识少女芙芦拉等居民，并得知流传岛上的古老传说。 就在同时，贪婪的收藏家吉尔露太，为了满足自己的收藏欲望，捕捉了传说中神圣不可侵犯的的火焰鸟与闪电鸟，甚至想进一步捕捉急冻鸟，以引出传说中的海之神-洛奇亚，致使传说成真，各处气候变异、关都，城都地区步向毁灭，小智决定挺身而出前往化解危机....
宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外.....
小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其来的暴风雨，却让大伙陷入困境，宝可梦们要如何度过呢？
這個城市裡，究竟住著什麼樣的寶可夢呢？ 在大都會正中央的一個屋上庭園。不經意地，朝旁邊的大樓望去，就看到了可愛的皮丘兄弟。可是喜歡惡作劇的弟弟皮丘對著皮卡丘作了個鬼面，並且，就那樣從樓上掉落下去了。「糟糕了！」皮卡丘趕緊要飛奔過去。可是，稍微注意一下就發現了皮卡丘所站的地方，是一個有著柱子的地方。向下方看去，就可以發現這是個好高好高的大樓。一不小心掉下去的話可就糟糕了。在那兒，有一群要將皮卡丘弄掉下去的黑烏鴉。啊！皮卡丘竟然掉下去了！！
When these Pokémon friends begin the holidays with Christmas quarreling, can Pikachu restore good cheer? Then, on a winter's eve, when not even a trailer is stirring, the Pokémon are making a Yuletide discovery you won't believe!
On the day before Christmas, Pikachu and its Pokémon friends are playing in a snowy town. But their snowball bowling game goes awry, and Totodile's snowball knocks a passing Delibird out of the sky! Delibird crashes down onto Meowth and Wobbuffet, who were out for an innocent stroll, but a wild Skarmory is annoyed at the racket and sends them all blasting off. Delibird has another bumpy landing, and now it's in a panic because it's lost all the presents that were in its sack. If they're not found by midnight, they won't be delivered for Christmas! Fortunately, Pikachu and its friends will help Delibird find all the presents.
The devious leader of Team Rocket Organization, Giovanni, has a fervent ambition to take control of the Pokémon world through both financial and military means. To achieve his military needs, he covets a Pokémon stronger and more adept than any other, a veritable living war weapon, so he enlists a scientist named Doctor Fuji to create this being from the DNA of the ancestor of all Pokémon and most powerful of Pokémon, Mew, which Fuji had found on a previous jungle expedition. Fuji accepts, for he is heavily into the prospect of cloning to create and restore life itself, because of his love for his deceased daughter, Amber.