O Império Galman foi destruído, mas o planeta Galmania não, por uma colisão casual de galáxias. Os mundos da Federação Bolar, incluindo o Planeta Bolar, são destruídos. O Yamato, de volta ao comando do Capitão Okita, encontra o planeta Denguil tarde demais para salvar sua civilização humanoide de ser inundada pelo planeta aquático Aquário. O sobrevivente Denguil, uma raça de guerreiros que acredita que apenas os fortes devem sobreviver, planeja usar Aquarius para inundar a Terra e destruir a humanidade, a fim de criar um novo lar para sua raça.

O filme televisivo Patrulha Estelar - Nova Viagem, introduz um novo inimigo, o império da nebulosa negra. A história inicia no final do ano de 2201. Neste filme, depois modificado para se tornar um filme de cinema, Desslar vê o seu planeta natal Gamilas, destruído pelos alienígenas de pele cinzenta, e os dois planetas gêmeos Iscandar próximos a linha de invasão. Desslar se alia interessadamente com o Yamato, que se encontra em uma missão de treinamento com o seu novo capitão estreante - Kodai.

Em uma outra galáxia, um enorme cometa branco viajava a uma grande velocidade, destruindo tudo em seu caminho e conquistando vários planetas: o Cometa Império, uma gigantesca cidade-fortaleza que possuía o maior e mais poderoso exército do universo. Seu próximo objetivo: conquistar a Via Láctea, mais especificamente, a Terra. Assim, sob o comando de seu líder, o Imperador Zordar, o Cometa Império, junto com suas tropas, segue rumo à Terra, visando a sua dominação. Então, com o intuito de investigar o que estaria acontecendo nos arredores da galáxia, o Yamato parte novamente para o espaço, em direção a Telezart. Porém, este era justamente o plano do inimigo. Uma nova e terrível batalha estava prestes a começar.

Ano 2199. A Terra foi transformada em um deserto radioativo pelos pesados ​​bombardeios do império alienígena de Gamilas. A humanidade refugiou-se sob a superfície da Terra, mas os cientistas preveem apenas um ano de sobrevivência. Nestes dias de desespero, chega uma mensagem das profundezas siderais da Rainha Starsha de Iscandar, que oferece aos terráqueos um dispositivo capaz de trazer a vida de volta à Terra. Mas para recuperar o dispositivo é necessário ir até o planeta Iscandar, uma jornada de 296.000 anos-luz a ser completada em 363 dias enfrentando toda a frota de Gamilas. A última esperança da Terra é confiada ao couraçado espacial Yamato e sua jovem tripulação.