Ο Μπάτμαν είναι αποφασισμένος να πατάξει το έγκλημα και με τη βοήθεια του υπαρχηγού Τζιμ Γκόρντον και του εισαγγελέα, Χάρβεϊ Ντεντ, επιχειρούν να διαλύσουν όσες εγκληματικές οργανώσεις έχουν απομείνει και μαστίζουν την πόλη. Η συνεργασία αποδεικνύεται αποτελεσματική, αλλά σύντομα, θα κληθούν να αντιμετωπίσουν έναν ανερχόμενο εγκληματικό εγκέφαλο, γνωστό στους τρομοκρατημένους κατοίκους της Γκόθαμ, ως Τζόκερ.
Στη Βρετανία του Β΄ Παγκοσμίου Πολέμου, ο μικρός Πίτερ απάγεται από ιπτάμενους πειρατές και από το ορφανοτροφείο στο οποίο μεγαλώνει μεταφέρεται στη Χώρα του Ποτέ. Εκεί θα γνωρίσει τους παράξενους κατοίκους της, τον νεαρό ακόμα Χουκ και τη δυναμική Τάιγκερ Λίλι. Όμως για να ανακαλύψει το πεπρωμένο του θα πρέπει να γίνει ο ιπτάμενος Πίτερ Παν και να τα βάλει με τον αδίστακτο Μαυρογένη.
Μία σύμβουλος διαχείρισης επιχειρηματικών κρίσεων (Κέιτ Μάρα) φτάνει σε μια απομακρυσμένη, άκρως απόρρητη τοποθεσία, όπου θα πρέπει να διερευνήσει και να αξιολογήσει ένα τρομακτικό ατύχημα. Μαθαίνει ότι το γεγονός προκλήθηκε από ένα φαινομενικά αθώο «ανθρώπινο πλάσμα», το οποίο συνιστά ένα μυστήριο απέραντων δυνατοτήτων και ανυπολόγιστων κινδύνων.