유전공학을 통해 에이전트 클론들의 뛰어난 능력만을 모아 탄생된 에이전트 47. 그는 인간의 감정은 제거되고 뛰어난 지능과 강인한 체력, 빠른 스피드로 업그레이드된 DNA를 가진 완벽한 인간이다. 에이전트 47의 새로운 타깃은 그의 DNA를 활용, 살인병기 군단을 만들려는 거대 조직. 이 거대한 조직을 이길 수 있는 비밀을 지닌 여인과 함께 그들에게 맞서며 자신의 능력에 숨겨진 엄청난 비밀을 알게 된다. 자신의 비밀이 밝혀지기 전에 흔적 없이 타깃을 제거 에이전트 47, 그의 완벽한 액션이 펼쳐진다!

John Prophet, a DNA-enhanced super-soldier, is placed into a cryogenic freeze for a future mission, only to awaken prematurely in the present. As he searches for a mission that does not exist, he must also find his humanity.

The story of a deadly CIA black ops assassin code-named the Scorpio, who specializes in regime changes, battles pirates, mercenaries and rogue agents.