一名經基因改造因而成為完美殺人武器的精英刺客，他冷血無情、手段殘暴、精準俐落，而且神秘至極，無人知道他的真實身分，僅以他刺印在後腦勺的條碼刺青最後兩碼數字「47」作為辨識，故又名「殺手47」，他是實驗室培養出的第47位基因改造複製人，擁有前所未見的體能、速度、耐力及智慧，也是當中最成功的結晶。殺手47所要面臨的考驗是要對抗一個企圖挖掘他的機密，以培養出比他更強大的殺人軍隊之巨型組織，並將與一名可能握有擊潰這個神秘邪惡組織關鍵機密的女性聯手，同時，逐步解開他個人身世背後的真相，並展開最龐大的刺客任務，以殲滅最頑固致命的敵手。