El passat de Jason Bourne torna per ell. A la segona entrega de la saga de tres pel·lícules basades en la vida de Jason Bourne, un exagent de la CIA que perd la memòria i mentre lluita per recuperar-la i aconseguir saber qui és en realitat, es veu involucrat en una xarxa d'espionatge i manipulació de governs per part dels Estats Units on serà perseguit per assassins professionals, mercenaris paramilitars, i excompanys de la CIA. La pel·lícula comença a Goa, Índia, on Jason i Marie se n'han anat a viure per amagar-se de Treadstone, però allà un antic agent de la companyia els localitza i persegueix. Jason Bourne comença la seva aventura per descobrir el seu passat recordant-ne part, i perseguint l'agent, que a més s'està fent passar per ell.