인공 피부를 연구하는 과학자 페이턴 웨스트레이크(Peyton Westlake/Darkman: 리암 니슨 분)가, 단지 미모의 여 변호사를 애인으로 두었다는 죄로, 도시의 사악한 부동산 개발업자의 하수인들의 공격을 받는다. 페이턴의 애인인 변호사 줄리(Julie Hastings: 프란시스 맥도맨드 분)가 부동산개발업자 스트랙(Louis Strack Jr.: 콜린 프리엘스 분)의 뇌물공여 기록을 발견하여 그 문서를 페이턴의 연구실에 두고 간 것이 화근이었다. 스트랙의 부하 듀랜트(Robert G. Durant: 래리 드레이크 분)가 장치하고 간 폭탄이 터질 때 온몸에, 특히 얼굴과 손에 심한 화상을 입고 하늘로 날아가 강물에 빠진 페이턴은, 세상에는 한 쪽 귓볼만 남기고 타 죽은 것으로 알려진 채, 혼수상태로 한 병원 중화상환자 병동에서 통증 제거 수술을 받는다. 신체의 감각을 뇌로 전달하는 신경 줄인 척수시상로를 절단하는 수술을 받아, 아무런 외부감각도 느끼지 못하는 존재가 된 그는 이제 엄청난 수술 부작용에 시달려야 할 운명이다. 외부감각의 유입이 차단되면 뇌 속에 본래 들어있는 자극인 감정만이 증폭되므로, 그 결과 어떤 감정이 발동하는 순간 아드레날린이 대량 분비되면서 그는 각력한 감정의 소용돌이와 함께 괴력을 발휘하는 인간으로 돌변하는 것이다. 그런 괴력발휘의 순간에 몸을 묶은 끈을 끊고 병원을 탈출한 그는 잿더미로 변한 연구실로 돌아와 자신의 외모가 얼마나 추악해졌는지를 확인한다. 낮에는 도저히 나다니지 못하고 오직 어둠의 베일이 흉측한 몰골을 가려줄 때나 활동할 수 있는 형편인 그는, 스스로를 저주받은 어둠의 인간이라 생각하면서도 사랑하는 줄리를 잊지 못해 혼자 애태운다.

세상이 온통 폭력과 싸움으로 물들어 가는 시대. 다크맨(Darkman/Peyton Westlake: 아놀드 보슬로 분)에게 참패했던 듀란(Robert G. Durant: 래리 드레이크 분)은 1870여일 만에 부활하여 부하들에게 새로운 총기와 폭력으로 도시 전체를 휩쓸도록 지시한다.

한편, 다크맨은 지하철역을 연구실 삼아 인조피부에 관한 실험을 계속하던 중 브래트먼 박사(Dr. David Brinkman: 제시 콜린스 분)가 쓴 연구 기사를 보고 관심을 갖게 된다. 두 사람은 서로 연구결과를 주고 받으며 함께 뜻을 모으고 다크맨은 그의 연구를 브래트먼 박사에게 주면서 계속 연구를 부탁한다. 그러나 공교롭게도 듀란의 부하들은 브래트먼에게 건물을 팔라고 협박한 후 잔인하게 살해한다. 이 사실을 뒤늦게 안 다크맨은 듀란의 부활을 직감하여 그를 잡기 위해 다시 일어서는데....

페이톤 웨스레이크 박사(Darkman/Peyton Westlake: 아놀드 보스루 분)는 실험 도중 악당의 습격을 받아 심한 화상을 입고 생명까지 위태로운 상황에 이른다.

가까스로 살아난 그는 신비한 초능력을 갖게 되고, 깊은 지하 터널 안에서 흉한 자신의 외모를 치료하기 위한 연구를 하는 다크맨으로 다시 태어난다. 한편 피터 루커(Peter Rooker: 제프 파헤이 분)는 마약거래로 악명이 높은 갱으로 어느 날, 마약거래 현장에서 다크맨에게 습격을 당하고 현금을 빼앗긴다. 그 사건 후 자신은 피부를 연구하는 과학자라고 밝힌 브리지트(Bridget Thorne: 다란느 프루겔 분)가 다크맨을 찾아와 화상 등으로 고생받는 환자들을 위해 도와줄 것을 요청한다. 그러나 그녀는 사실 피터의 정부로 다크맨이 지닌 초능력의 비밀을 알아내려고 그를 속인 것이다. 자신이 속았다는 사실을 깨달았을 때 이미 피터에게 감금된 상태였지만, 다크맨은 괴력을 발휘해 궁지에서 벗어난다. 그리고 자신의 초능력에 대한 비밀 연구성과가 담긴 디스켓과 새로 개발한 피부 재생 물질을 피티에게 모두 빼앗긴 것을 알고, 이를 되찾기 위해 다크맨은 피티의 모습으로 변장, 그의 억양을 흉내내 피터의 집에 잠입한다. 마침 이날은 피터의 생일로 많은 축하객들이 피터의 집에 와 있었고, 다크맨은 피터의 행세를 하면서 가까스로 위기를 넘긴다. 그러나 피터의 아내 안젤라(Angela Rooker: 록산느 도슨 분)는 조금씩 다크맨을 의심하기 시작한다. 한편, 브리지트의 실험실에서는 페이톤의 초능력에 관한 연구가 성공을 거둔다. 피터는 젊고 건장한 부하 4명에게 새로 개발된 약을 주사하고, 그들은 곧 초능력을 갖게 된다. 다크맨은 이들과의 일전에서 이겨내지만 스스로 약을 주사한 피터와 또 다시 생사를 건 싸움을 벌여야 하는데...