Минуло багато років з моменту першої появи Ґодзілли, і він топить риболовецьке судно, що пропливає повз. Екіпаж не встигає подати сигнал тривоги. Деякий час по тому корабель-привид випадково знаходить журналіст Горо Макі. Обстежуючи судно, він усюди бачить загиблих матросів, а також несподівано стикається з жахливою морською блохою шокіласом. Одного матроса, що вижив, все ж вдається знайти, той запевняє, що бачив велетенське чудовисько. Незабаром відбувається другий нещасний випадок — Ґодзілла нападає на радянський підводний човен. Ця звістка швидко доходить по уряду Японії, існування Ґодзілли вирішено залишити таємницею. Проте незабаром про Ґодзіллу дізнаються СРСР і США. Збирається конгрес, який повинен вирішити ситуацію, що склалася...

After the previous Godzilla attack, a miniature arms race ensues to collect his cells. Concerned over Godzilla's possible return, the Japanese government uses the cells to create a new bio-weapon, ANEB (Anti-Nuclear Energy Bacteria). They seeks the aid of geneticist Genshiro Shiragami, who's experiments result in a new mutation.

The Futurians, time-travelers from the 23rd century, arrive in Japan to warn them of the nation's destruction under Godzilla. They offer to help erase Godzilla from history by preventing his creation. With Godzilla seemingly gone, a new monster emerges as the Futurians' true intentions are revealed.

Mothra's dark counterpart, Battra, emerges to eliminate humanity on behalf of the Earth. Two tiny fairies called the Cosmos offer their help by calling Mothra to battle the creature. Unfortunately a meteorite has awoken a hibernating Godzilla as a three way battle for the Earth begins.

The U.N.G.C.C. (United Nations Godzilla Countermeasure Center) recovers the remains of Mecha-King Ghidorah and construct Mechagodzilla as a countermeasure against Godzilla. Meanwhile, a giant egg is discovered along with a new monster called Rodan. The egg is soon found to be none other than an infant Godzillasaurus.

A mysterious extraterrestrial being resembling Godzilla rapidly approaches Earth. The monster, dubbed SpaceGodzilla, lands to challenge the King of the Monsters.

A burning Godzilla, on the verge of meltdown, emerges to lay siege to Hong Kong. At the same time horrifying new organisms are discovered in Japan. These crustacean-like beings are seemingly born of the Oxygen Destroyer, the weapon that killed the original Godzilla.