主演
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Neo, Neo / Thomas Anderson, Thomas A. Anderson / Neo
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Trinity, Trinity / Tiffany
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Morpheus
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Morpheus / Agent Smith
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Agent Smith
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Smith
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General Niobe, Niobe
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Oracle
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Bugs
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Cypher
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The Analyst
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Oracle
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Link
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Tank
主创人员
本片描述二十二世紀一名電腦代號為尼歐的電腦駭客，他總是覺得世界一切都不對勁，但卻又說不出所以然來。常常在夢中、或電腦中都會有個聲音對他說話，讓他分不清真實與夢境的界限。直到他來到地下自由鬥士的組織，才真相大白。於是他和一群身懷絕技的鬥士，開始展開對抗控制全體人類的『電腦魔王』的使命……
在顯示出救世主身份不久後，尼歐（Neo）進一步學會運用他在母體（Matrix）的超級能力，包括看清周圍人和物的代碼，以及飛行。人類的革命也劇烈反轉，越來越多的人從母體中獲得了自由。此時尼歐開始不斷地夢見崔妮蒂（Trinity）的死亡。另一方面，機器聚集了一支大軍進攻人類抵抗的中心：真實世界最後的城市錫安（Zion）。莫菲斯（Morpheus）和尼歐則焦急地等待和祭師（Oracle）的聯繫，他們相信，祭師會告訴他們如何阻止災難。特工史密斯（Smith）由於在第一集中對尼歐追捕失敗被系統刪除，如今脫離母體並成為電腦病毒重新出現，他可以傳染任何被他接觸的人（將其複製成自己），他生存的目的就是為了消滅尼歐。為了拯救錫安、人類以及他最愛的女人，尼歐和莫菲斯及其他抵抗分子必須與各種被「流放」的程式、新升級的特工、以及一群史密斯的複製品戰鬥，以便到達萬物之源（the Source）。但是在萬物之源，尼歐了解到的卻是動搖之前所有認知的真相……
在《駭客任務》系列電影最後一集中，延續上集《駭客任務：重裝上陣》的故事，並揭曉機器與人類的最終命運。 機器帝國集結了烏賊大軍攻打真實世界僅存的人類城市——錫安城（Zion），錫安城內的人類拚死抵抗，但最後仍是兵敗如山倒；另一方面，電腦人史密斯（Agent Smith）進化成為更高等的電腦病毒，幾乎佔領了整個母體（Matrix），甚至包括了「母體之母」——祭師（Oracle）。經過與祭師密談的救世主尼歐（Neo），終於清楚自己的使命，便和女主角崔妮蒂（Trinity）兩人強行攻入位於地表，人類幾乎無法進入的機械城市。 雖然在重重阻礙中，尼歐藉由救世主不分世界的超能力成功進入機械城市，但崔妮蒂在此犧牲。尼歐進入機器城市後，與身為機器首腦的機械主（其地位相當於諾斯底主義中的上帝，詳見「緩和二元論」處）達成停戰協議。而代價是尼歐必須進入母體，刪除叛逃異變的強大病毒——史密斯。 經過一番苦戰之後，尼歐敗了，被史密斯所感染複製，但是機械主也因此獲得了史密斯的代碼，從而成功將其清除，在最後一刻拯救了僅存的人類，還有被機器大軍破壞殆盡的錫安城，機器世界與真實世界都獲得了和平，人類從此可以選擇生活在母體或現實世界，而造物主也承諾不願生活在機器世界（母體）的人類將會獲得自由。在最後，祭師表示相信尼歐還會回來。
《駭客任務：復活》重回有兩個現實的世界，一個是日常生活，另一個則是存在於日常的背後。湯瑪斯安德森想要找出他的現實是真實的，還是想像出來的，同時真正了解自己，所以他必須再次選擇「跟著白兔走」。儘管一切都像是幻覺，但如果湯瑪斯（或是尼歐）曾經學到什麼，那就是唯有透過選擇才能進出母體，尋找背後的真相。雖然尼歐早就知道他會做出何種選擇，但他不知道的是，母體變得比以前更強大、更堅固、更危險……似曾相識。