해리 포터는 위압적인 버논 숙부와 냉담한 이모 페투니아, 욕심 많고 버릇없는 사촌 더즐리 밑에서 갖은 구박을 견디며 계단 밑 벽장에서 생활한다. 이모네 식구들 역시 해리와의 동거가 불편하기는 마찬가지. 이모 페투니아에겐 해리가 이상한 언니 부부에 관한 기억을 떠올리게 만드는 달갑지 않은 존재다. 11살 생일이 며칠 앞으로 다가왔지만 한번도 생일파티를 치르거나 제대로 된 생일선물을 받아 본 적이 없는 해리로서는 특별히 신날 것도 기대 할 것도 없다. 11살 생일을 며칠 앞둔 어느 날 해리에게 초록색 잉크로 쓰여진 한 통의 편지가 배달된다. 그 편지의 내용은 다름 아닌 해리의 11살 생일을 맞이하여 호그와트에서 보낸 입학 초대장이었다. 그리고 해리의 생일을 축하하러 온 거인 해그리드는 해리가 모르고 있었던 해리의 진정한 정체를 알려주는데...

해리 포터에겐 이번 여름방학이 별로 즐겁질 못했다. 마법이라면 질색을 하는 페투니아 이모와 버논 이모부의 구박도 그렇지만, 무엇보다 속상한 건 단짝이었던 론 위즐리와 헤르미온느 그레인저가 그 사이 자신을 까맣게 잊었는지 자신의 편지에 답장 한 통 없다는 것. 그러던 어느날 꼬마 집요정 도비가 해리의 침실에 나타나 뜻밖의 얘기를 한다. 호그와트 마법학교로 돌아가면 무서운 일을 당할 거라는 것. 도비는 해리를 학교에 못 가게 하려고 자신이 여태까지 론과 헤르미온느의 답장을 가로채 왔음을 고백한다. 그러나 도비와 더즐리 가족의 방해에도 불구, 해리는 론과 그의 형제들이 타고 온 하늘을 나는 자동차를 타고 이모집을 탈출, 따뜻한 가족애가 넘치는 론의 집으로 가는데...

13세가 된 해리 포터는 또 한번의 여름 방학을 이모 가족인 더즐리 일가와 우울하게 보내야 했다. 물론 마법을 쓰는 건 일체 금지. 하지만, 버논 이모부의 누이인 마지 아줌마가 더즐리 가를 방문하면서 상황은 변한다. 위압적인 마지는 해리에겐 늘 공포의 대상. 마지 아줌마 때문에 스트레스를 받던 해리는 급기야 실수로 그녀를 거대한 괴물 풍선으로 만들어 하늘 높이 띄워 보내버리고 만다. 이모와 이모부에게 벌을 받을 것도 두렵고, 일반 세상에선 마법 사용이 금지돼 있는 것을 어겼기 때문에 호그와트 마법학교와 마법부의 징계가 걱정된 해리는 밤의 어둠 속으로 도망치지만, 순식간에 근사한 보라색 3층 버스에 태워져 한 술집으로 인도되고 마는데...

요즘 들어 매일 꾸는 악몽 때문에 이마의 상처에 더욱 통증을 느끼는 해리는 친구 론과 헤르미온느와 함께 퀴디치 월드컵에 참가해 악몽에서 벗어날 수 있게 돼 마냥 기쁘다. 그러나 퀴디치 캠프장 근방 하늘에 불길한 기운이 나타난다. 바로 마왕 볼드모트의 상징인 어둠의 표식이 나타난 것. 볼드모트가 13년 전에 자취를 감춘 뒤, 감히 모습을 드러내지 못했던 그의 추종자 데스 이터들이 그 표식을 불러낸 것이다. 두려움으로 가득 찬 해리는 안전한 호그와트 마법학교로 돌아가고 싶어한다. 덤블도어 교장이라면 자신을 지켜줄 수 있을 것이기에. 그러나 올해는 예년과 상황이 좀 다른데...

길고도 지루한 여름 날 호그와트 마법학교 다섯 번째 해를 기다리고 있는 해리포터. 이모부 더즐리 식구들과 참고 사는 것도 지겨운데다 친구 론과 헤르미온느에게서는 편지 한 통 오지 않는다. 그러던 중 예상치 못했던 편지 한 장이 도착한다. 그것은 해리가 학교 밖인 리틀 위닝에서 얄미운 사촌 두들리, 즉 머글 앞에서 디멘터들의 공격을 막는 마법을 사용했기 때문에 호그와트 마법학교에서 퇴학 당하게 되었다는 소식이었다. 앞이 캄캄한 해리. 갑자기 어둠의 마법사 오러들이 나타나 해리를 불사조 기사단의 비밀 장소로 데리고 가는데...

어둠의 세력이 더욱 강력해져 머글 세계와 호그와트까지 위협해온다. 위험한 기운을 감지한 덤블도어 교수는 다가올 전투에 대비하기 위해 해리 포터와 함께 대장정의 길을 나선다. 볼드모트를 물리칠 수 있는 유일한 단서이자 그의 영혼을 나누어 놓은 7개의 호크룩스를 파괴하는 미션을 수행해야만 하는 것! 또한 덤블도어 교수는 호크룩스를 찾는 기억여행에 결정적 도움을 줄 슬러그혼 교수를 호그와트로 초청한다. 한편 학교에서는 계속된 수업과 함께 로맨스의 기운도 무르익는다. 해리는 자신도 모르게 지니에게 점점 끌리게 되고, 새로운 여자 친구가 생긴 론에게 헤르미온느는 묘한 질투심을 느끼는데...

덤블도어 교장의 죽음 이후, 마법부는 죽음을 먹는 자들에게 점령당하고 호그와트는 위기에 빠진다. 성년이 되며 해리를 지켜주던 수호 마법은 사라지고 해리와 론, 헤르미온느는 볼드모트 영혼의 조각이 보관된 호크룩스를 찾아 파괴하기 위한 모험을 떠난다. 그러나 이미 볼드모트에 의해 장악된 마법세계에서 죽음을 먹는 자들을 피해 숨어다니는 것만으로도 쉽지 않다. 세 사람에게 남겨진 덤블도어의 유품은 수수께끼처럼 그저 막막하고, 아무런 단서도 없이 떠난 그들의 모험은 불안과 초조함으로 가득하다. 계속되는 시련의 나날 속에 세 친구는 끊임없이 서로에 대한 믿음과 숙명에 대한 의지를 시험받는다.

덤블도어 교장이 남긴 죽음의 성물의 단서를 쫓던 해리 포터는 볼드모트가 그토록 찾아 다닌 절대적인 힘을 가진 지팡이의 비밀을 통해 드디어 마지막 퍼즐을 완성한다. 볼드모트의 영혼이 담긴 다섯 번째 호크룩스를 찾기 위해 마법학교 호그와트로 돌아온 해리와 친구들은 그들을 잡으려는 보안마법에 걸려 위기를 맞지만 덤블도어의 동생인 에버포스의 도움으로 벗어난다. 그리고 그에게서 덤블도어와 어둠의 마법사 그린델왈드에 관한 놀라운 과거에 대해 알게 된다. 한편 볼드모트는 해리에 의해 호크룩스들이 파괴되었음을 느끼고 호그와트로 향한다. 해리를 주축으로 한 불사조 기사단과 죽음을 먹는 자들 간의 전투가 벌어지며 호그와트는 거대한 전쟁터로 변하게 되는데...