לעת יום הולדתו ה-11 מגלה הארי פוטר שאומץ על ידי דודיו אחרי שהוריו המכשפים נספו בפיגוע קוסמות. הצלקת שעל מצחו היא עדות למלחמה שהוא עצמו נלחם בינקותו נגד רב-מג נוראי, וולדמורט. כעת איתרו אותו עמיתיו בעלי היכולות המדהימות, והם מזמינים אותו לבית הספר למכשפים בהוגוורטס.

לאחר שבילה קיץ משמים בבית דודו ודודתו, מתגעגע הארי לשוב להוגוורטס. אלא שאז מופיע בחדרו שדון מסתורי בשם דובי, המזהיר אותו מסכנות האורבות לו עם פתיחת שנת הלימודים השנייה. כשהלימודים נפתחים, מסר מיסתורי ומאיים מופיע על קירות בית הספר הוגוורטס, שגורם להארי, רון והרמיוני לצאת למסע להרפתקאה מסוכנת.

עם חזרתו של הארי לשנה השלישית בהוגוורטס, הוא מגלה שאסיר מסוכן בשם סיריוס בלק שחרר את עצמו מבית הכלא למכשפים, ועושה את דרכו לבית הספר כדי לפגוע בו. נוסף על כך, הסוהרסנים, יצורים איומים ששומרים על בית הכלא אזקבאן מגיעים להוגוורטס על מנת לתפוס את בלק המסוכן, אך משפיעים לרעה על הארי עצמו, שנאלץ ללמוד להגן על עצמו ודרך כך גם להתחבר לעברו.

תחרות בין בתי הספר לקוסמים תופסת את הארי בהפתעה, כשהוא מגלה שעל אף שלא נרשם, הוא עלה בפור. כעת הוא נאלץ להתחרות ולעמוד באתגרים המסוכנים, תוך ניסיון לפענח מי הכניס אותו לטורניר ומדוע.

לאחר המפגש פנים אל פנים מול וולדרמורט בסרט הקודם, הארי מגלה כי שר הקסמים נוקט במדיניות של הכחשה, והארי וכל תומכיו הופכים למוקצים. בתגובה, מנהל בית הספר דמבלדור שנושל גם הוא ממרבית מסמכויותיו, מחליט להקים מחדש את "מסדר עוף החול" על מנת לפעול נגד וולדמורט.

מלחמה עקובה מדם פורצת בין "אוכלי המוות" המרושעים - חסידיו "טהורי הדם" של וולדרמוט ששונאים "מוגלגים" ו-"בוצדמים" לבין הקוסמים הטובים שלא מוכנים לתת למנוולים להגשים את תוכניתו של וולדמורט - לשלוט בעולם כולו ולהפוך את כולנו המוגלגלים לעבדים של הקוסמים. כשהארי חוזר להוגוורטס הוא מגלה ספר מיסתורי של "הנסיך חצוי הדם" שהופך אותו לילד המצטיין בשיעור השיקויים. דמבלדור מכין להארי שיעורים פרטיים, כשבכל שיעור דמבלדור יראה להארי זכרון על עברו של אויבו הנצחי לפני שהפך ללורד וולדמורט, טום ואנדרולו רידל. הארי יוצא למסע לחיפוש והשמדת ההורקרוקסים של וולדמורט.

בפתיחת הסרט וולדמורט שולט על מועצת הקוסמים ועל בית הספר הוגוורטס ומנהל משטר טוטליטרי המפלה מוגלגים (אנשים שאינם קוסמים). הארי יוצא עם הרמיוני ורון, להמשיך את מפעל חייו של דאמבלדור, ולעצור את וולדמורט מלהגדיל את כוחו באמצעות אוצרות המוות.

הארי, רון והרמיוני יוצאים למצוא את שלושת ההורקראקסים האחרונים של הלורד האפל – אלה שאחראים להיותו בן אלמוות, בתקווה להביא קץ לחייו. כשוולדמורט מגלה על כך, הוא יוצא למלחמה חסרת רחמים.