Rune Balot schlägt sich in der futuristischen Stadt Mardock City als Prostituierte durch ihr hartes Leben. Doch plötzlich scheint sich alles für sie zu ändern: Als der erfolgreichen Casino-Manager Shell Septinous eines Tages in ihr Leben tritt und sie aus ihrem trostlosen Dasein befreit, kann Rune ihr Glück kaum fassen. Neugierig nach dem Grund für den abrupten Wandel in ihrem Leben stellt sie Nachforschungen über Shell an und begeht damit einen großen Fehler. Als Shell das herausfindet, sieht er rot und tötet sie kaltblütig. Allerdings hatte Shell die Polizei nicht auf seiner Rechnung, die die Verbrechensrate de Stadt um jeden Preis senken will und mithilfe von Dr. Easter Opfer von Kapitalverbrechen wieder zum Leben erweckt. Als Rune völlig verwirrt aufwacht, hat sie nur ein Ziel vor Augen: Die Rache an ihrem Mörder.

Obwohl die Lage nach dem finalen Aufeinandertreffen mit der Bandersnatch Company aussichtslos scheint, werden der schwer verletzte Oefcoque und die ehemalige Prostituierte Rune Balot von Dr. Easter, der Rune einst wieder zum Leben erweckte, aus den Fängen von Boiled befreit. Die drei Gesuchten beschließen sich in einem Forschungszentrum namens Paradise zu verstecken. Dort liegen viele Geheimnisse der Stadt Mardock City verborgen, so dass Rune mehr über das Scramble-09-Gesetz und dessen Verbindung zur geheimnisvollen October-Company erfährt. Sie ahnt jedoch noch nicht, dass sie bald eine folgenschwere Entscheidung treffen muss.

Rune, Dr. Easter und Oefcoque wollen den berüchtigten Casino-Manager Shell Septinos für seine kriminellen Aktivitäten zur Rechenschaft ziehen. Dies erweist sich jedoch als ziemlich schwierig, denn um überhaupt eine Chance haben, müssen sie erst einmal ausreichend Beweise beschaffen. Dafür gilt es an Shells Erinnerungs-Datenchips zu kommen. Diese bewahrt der Gangster in seinem Casino Eggnog Blue mitten in der Stadt Mardock City auf. Um an die Chips zu kommen, müssen sich die drei nun in dieses gefährliche Territorium vorwagen. Und das möglichst schnell. Denn wenn es ihnen nicht rechtzeitig gelingt, die Beweise vorzulegen, würde die Anklage gegen Shell abgewiesen werden und ihr Leben hinge am seidenen Faden...