La historia se sitúa hace 5000 años en la célebre ciudad de Gomorrah, en la cual un malvado gobernador decide arrasar con todas las tribus nómadas del desierto. Las pocas tribús que sobreviven, que por naturaleza nunca han sido aliadas, deben unirse o morir. Sabiendo que su enemigo confía en las predicciones de un brujo, contratan a un afamado asesino, Mathayus, para que liquide al vidente. Tras infiltrarse en el campamento enemigo, Mathayus descubre que el brujo es una bella mujer. En lugar de asesinarla la conduce a los páramos del desierto profundo, sabiendo que los hombres del gobernador harán cualquier cosa con tal de rescatarla y llevarla de nuevo a su campamento. Gravemente herido tras la batalla, Mathayus debe encontrar la fuerza para llevar a sus exhautos aliados de vuelta a Gomorrah para luchar en la batalla final.

Esta es la historia del joven Mathayus y los sucesos que le llevan a convertirse en el Rey Escorpión. Cuando era un niño de 13 años sin preocupaciones, Mathayus fue testigo del rapto y asesinato de su padre, un conocido mercenario, por parte de un celoso rival, Sargon. Enviado a la prestigiosa academia de la Orden del Testigo Negro, Mathayus pasa sus siguientes siete años preparándose para convertirse en un luchador y en un asesino, espoleado por su voto de vengar, algún día, a su padre. Convencido de que la única esperanza de derrotar a Sargon y a su creciente poder consiste en recuperar la espada del Submundo, Mathayus se embarca en una arriesgada odisea sobrenatural, acompañado por una aspirante a guerrera.

Desde su triunfal ascensión al poder en “El Rey Escorpión”, el reino de Mathayus ha caído y su reina ha muerto a causa de una plaga. Convertido ahora en un asesino a sueldo, si quiere volver a recuperar el poder y la gloria que conoció una vez, ha de defender un reino de un diabólico tirano y de sus guerreros fantasmales.

El guerrero y rey depuesto Mathayus, se embarca en la misión más peligrosa que jamás haya librado para intentar la paz de su tierra frente a un terrible y formidable adversario…

El Rey Escorpión se une a una guerrera llamada Tala, que es hermana del Rey Nubio. Juntos, buscan una reliquia legendaria conocida como El libro de las almas, que les permitirá acabar con un malvado señor de la guerra.