Eris, dea della discordia, fa ritorno sulla Terra all'interno di una mela d'oro e prende possesso del corpo di Daisy, giovane assistente di Lamia al collegio St. Charles ed amica di Cristal. La resurrezione della dea porta alla rinascita del suo tempio e dei cinque Cavalieri ombra (Serian di Orione, Ian dello Scudo, Orfeo della Lira, Lesia della Freccia e Relta della Croce del Sud).

Cristal il Cigno tenta di salvare tra i ghiacci polari un uomo assalito da misteriosi guerrieri: sebbene lo sforzo si riveli inutile, il Cavaliere del Cigno viene messo in guardia, dall'ormai morente vittima della misteriosa aggressione, sulle mire di conquista da parte del paese nordico di Asgard. Dopo questo episodio Crystal scompare misteriosamente. Sulle sue tracce giungono ad Asgard Lady Isabel e gli altri Cavalieri dello zodiaco, che vengono ricevuti con grandi onori da Balder, ministro del culto di Odino. Ben presto però il perfido sacerdote, che mira in realtà ad estendere il suo dominio più a sud, svela i suoi piani e fa rapire Lady Isabel scagliando contro i Cavalieri dello zodiaco i suoi fortissimi Guerrieri del Nord, tra i quali si nasconde anche lo stesso Cristal, che privato della memoria, combatte con il nome di Midgard. Alla fine i Cavalieri di Atena riescono a sconfiggere i loro avversari, grazie anche all'aiuto di Freyr, principe di Asgard.

In questa avventura i Cavalieri dovranno vedersela contro Abel, reincarnazione di Febo, dio del Sole e delle Arti, figlio di Zeus e quindi fratello di Atena, e i Cavalieri della Corona a lui sottoposti. Dopo essersi reincarnato il Dio raggiunge Atena, che apprende del suo proposito di punire l'umanità per la corruzione sterminandola come al tempo del diluvio universale. Per ottenere ciò dona nuova vita ai cavalieri d'oro periti durante la corsa alle dodici case che gli giurano fedeltà e congeda i cavalieri di bronzo con l'appoggio di lady Isabel.

Pegasus, Sirio, Cristal, Andromeda e Phoenix affrontano in questo film il più potente e spietato degli avversari: Lucifero, il Sovrano degli Inferi. Relegato fin dai tempi del mito nelle profonde oscurità dalla dea Atena egli ritorna sulla Terra per brama di vendetta. Dopo aver ucciso i cavalieri d'oro, decapita la statua di Atena ed erge la sua fortezza, il Palazzo degli Intrighi, nei pressi del Grande Tempio. Affiancato dagli spiriti di Nettuno, Discordia e Apollo, le tre malvagie divinità che i cavalieri di Atena avevano faticosamente sconfitto nelle loro precedenti avventure, Lucifero lancia un ultimatum a Lady Isabel: la giovane dovrà sacrificarsi o l'intero pianeta verrà devastato dalla sua furia demoniaca. I Cavalieri dello Zodiaco sono chiamati ad una impresa disperata, contrastare il potente avversario sfidando i terribili demoni infernali per poter salvare la dea della Giustizia e l'intera umanità.

Il film si apre con Pegasus su una sedia a rotelle in uno stato semi vegetativo causato dal combattimento sostenuto contro Ade nei Campi Elisi e al potere venefico della spada del dio. Il guerriero viene presto attaccato da un trio di Cavalieri, mandati dalla dea Artemide per vendicare gli oltraggi fatti dai Cavalieri di Atena verso gli dei Poseidone ed Ade. Nonostante gli angeli di Artemide attacchino con delle lance Pegasus, egli non subisce danni grazie alla protezione di Atena, che lo ha accudito per tutto il tempo in una baita di montagna. Atena si offre di cedere volontariamente il suo potere divino e la prerogativa di difesa della Terra ad Artemide a patto che questa non uccida i suoi Cavalieri.

La giovane Isabel di Thule scopre, a 16 anni, di essere la dea Atena e di avere intorno quattro "angeli custodi": sono i Cavalieri di Bronzo, preposti fin dalla loro prima infanzia a proteggere la giovane divinità. I Cavalieri hanno anche l'incarico di restituire Isabel al Grande Tempio, dove una falsa Atena ha preso il suo posto e dove un Grande Sacerdote fa il bello e il cattivo tempo (forse perché anche lui è un usurpatore). Per riuscirci dovranno attraversare tutte e 12 le case dello Zodiaco, ognuna delle quali è presieduta da un Cavaliere d'Oro intenzionato a mettere alla prova i Cavalieri di Bronzo affinché si dimostrino degni di portare a termine la loro missione, e a stabilire se Isabel è davvero la dea Atena e non una "ribelle".