Malgré son statut de pilote d'Evangelion, Shinji reste soumis à ses obligations scolaire. Lors de son arrivée en classe, il rencontre Kensuke Aida et Toji Suzuhara. Kensuke est un véritable « military otaku » dont le rêve est de devenir pilote. Caméra à la main, il est toujours à l'affût de la moindre opération militaire dans Tokyo-3. Toji est un garçon taciturne qui n'a que sa sœur pour toute famille. Celle-ci a été blessée durant l'attaque du Troisième Ange. Toji nourrit une rancœur féroce à l'égard du pilote de l'Eva qu'il tient pour responsable. Lorsqu'il apprend qu'il s'agissait de Shinji, il décide de se venger.

Misato se souvient du Second Impact qui provoqua la mort des trois-quarts de l'humanité. Encore enfant, elle fut sauvée par son père. Quinze ans plus tard, elle porte encore la marque tragique de ces événements mais la cache sous son uniforme et ses responsabilités. Un soir, elle organise une fête en l'honneur de Shinji, dont les capacités de pilote augmentent de façon exponentielle (au grand dam d'Asuka).

A cette soirée, en plus des amis de Shinji, elle invite sa vieille amie Ritsuko ainsi que Ryoji Kaji, avec lequel elle semble partager un passé qu'elle garde secret.