Die Serie endet in der dritten Staffel mit einem Handlungsbogen, in der Lex Luthor vom intelligenten, verbrecherischen Gorilla Grodd als Mitglied seiner Verbrecherorganisation angeheuert wird. Luthor macht zunächst mit, weil er versucht, seine jetzt unterbrochene Verbindung mit Brainiac wiederherzustellen, rebelliert schließlich jedoch und übernimmt selbst die Organisation. Seine Bemühungen, Brainiac wieder zu rekonstruieren, führen dazu, dass Supermans alter Feind Darkseid wieder zum Leben erweckt wird und dieser die Erde angreift. Superhelden und Superschurken müssen sich zusammenraufen, um die Zerstörung der Erde abzuwenden, und ironischerweise ist es Luthor, der die Erde rettet, indem er sich zu einem gottgleichen Wesen verwandeln lässt und Darkseid das gibt, wonach er lange gesucht hat: die Anti-Lebensgleichung