En un mundo medio inundado por el crecimiento del nivel del mar, Yokohama Kaidashi Kikou narra la historia de Alpha, un robot humanoide al que su dueño le ha encomendado la tarea de regentar un bar (el café de Alpha), mientras parte de viaje dejando a Alpha sola con sus vecinos y una cámara con la que, le insta a guardar sus recuerdos. El bar, situado en un lugar solitario en la península de Miura, en Japón, no cuenta con excesiva clientela, por no decir que nula, y sólo cuenta entre ella a sus vecinos, quienes pasan por allí más por estar con Alpha que por tomar algo. Será desde allí mismo donde Alpha recorra su viaje en busca de recuerdos a la espera de su preciado dueño, encontrando por el camino a numerosos personajes que no harán sino enriquecer sus vivencias.