Melancholisch und unmotiviert tritt Ayanokōji Kiyotaka zu seinem ersten Tag an der fördernden weiterführenden Schule der Stadt Tōkyō, die von der japanischen Regierung gebaut wurde, um die jungen Menschen zu fördern, von denen die Zukunft des Landes abhängen wird. Hier dreht sich das Leben der Schüler um monatlich ausgezahlte Punkte, die in allen Läden auf dem riesigen Schulgelände als Zahlungsmittel gelten. Ayanokōji lernt die unnahbare Außenseiterin Horikita Suzune und die extrem kontaktfreudige Kushida Kikyō kennen.

Klasse D stellt mit großer Bestürzung fest, dass das Leben kein Ponyhof ist und es fürs Nichtstun keine Punkte gibt. Noch dazu soll jeder, der bei der nächsten Prüfung durchfällt, der Schule verwiesen werden. Da ihr eigenes Wohlergehen von der Leistung ihrer Klassenkameraden abhängt, versucht Horikita es mit einer Lerngruppe für die Härtefälle unter ihnen. Ayanokōji soll dafür sorgen, dass diese auch daran teilnehmen.

Mit viel Arbeit, List und Tücke gelingt es Klasse D schließlich, bei der Zwischenprüfung überraschend hohe Punktzahlen zu erzielen. Ein Schüler hat die Prüfung jedoch nicht bestanden und soll nun wie angekündigt der Schule verwiesen werden. Ayanokōji wagt einen Versuch, dies zu verhindern.

Sudō wird beschuldigt, Schüler der Klasse C angegriffen und verletzt zu haben. Klasse D muss seine Unschuld beweisen, um weiteren Punkteverlust und zusätzliche Strafen zu vermeiden.

Während die Verhandlung immer näher rückt, versuchen Ayanokōji und Kushida, Sakura Airi, die womöglich einzige Zeugin des Vorfalls, für ihre Sache zu gewinnen.

Sakuras Aussage hat Klasse D Zeit verschafft, doch Horikita und Ayanokōji müssen diese jetzt nutzen, um die Sache endgültig aus der Welt zu schaffen. Währenddessen wird Sakura von einem merkwürdigen Mann verfolgt …

Selbst während der Sommerferien bleibt Horikita lieber allein in ihrem Zimmer und lernt, statt sich mit anderen auseinanderzusetzen. Eines Tages lädt Ayanokōji sie dazu ein, mit anderen aus der Klasse ins Schwimmbad zu kommen.

Der ganze Jahrgang fährt mit einem Luxuskreuzer durch den Pazifik und genießt die Extravaganzen an Bord des Schiffs, da die Schule alle Kosten trägt. Doch wohin führt die vermeintliche Urlaubsreise?

Im Zuge einer Sonderprüfung wurden die Schüler auf einer Tropeninsel abgesetzt und müssen dort eine Woche lang auf sich allein gestellt leben. Typisch für die Schule wird ihre Leistung mithilfe eines Punktesystems beurteilt und könnte großen Einfluss auf die Rangverteilung der vier Klassen haben.

Unter Hiratas Aufsicht gelingt Klasse D ein geregelter und weitgehend sorgenfreier Alltag auf der Insel. Ayanokōji beschließt, die Umgebung und Camps der anderen Klassen zu erkunden, und Horikita begleitet ihn widerwillig. Dabei stellen beide fest, dass die anderen Klassen mitunter ganz andere Ansätze verfolgen. Doch dann droht ein nächtlicher Vorfall, den Zusammenhalt der Klasse D zu zerstören …

Der Täter ist noch immer nicht gefunden. Die Mädchen der Klasse D trauen den Jungs nicht mehr über den Weg und beschließen die Teilung des Lagers in zwei getrennte Bereiche. Während sich auf beiden Seiten Unmut breit macht, geschieht schon das nächste Unglück …

Ibuki hat die Schlüsselkarte von Klasse D entwendet. Horikita ist zu krank, um die Prüfung abzuschließen, und so beschließt Ayanokōji gegen ihren Willen, sie ausscheiden zu lassen.

Nach der Inselprüfung genießen Ayanokōji Kiyotaka und die anderen ihren Sommerurlaub auf einem Luxusliner. Plötzlich werden sie von einer neuen Sonderprüfung unterbrochen. Ayanokōji wird zusammen mit Karuizawa Kei und den anderen in einen Raum gerufen, wo sie erfahren, dass diese Prüfung nicht streng nach Klassen getrennt wird …

Nach dem Ende von Tag 1 der „Denkprüfung“ berät sich Ayanokōji mit Hirata und den anderen über einen Ausweg aus der festgefahrenen Situation, als eine Nachricht von einer gereizten Horikita auf seinem Handy eingeht. Außerdem bemerkt er etwas Seltsames an Karuizawas Verhalten und erkundigt sich bei Horikita danach, jedoch …

Karuizawa wird von den Mädchen der Klasse C bis an ihre Grenze getrieben. Ayanokōji sieht teilnahmslos zu, aber Yukimura eilt ihr zu Hilfe, da er es nicht ertragen kann. Als er Karuizawas ungewöhnliche Angst bemerkt, hat Ayanokōji eine Idee …

Mit dem zweiten Semester beginnt auch die Vorbereitung auf das Sportfest. Die Ergebnisse werden sich wohl oder übel auch auf die nächste schriftliche Prüfung auswirken. Viele Schüler sind sichtlich verärgert. Zudem müssen diese sich nun Gedanken über ihre Teamzusammensetzung machen …

Ayanokōji ist misstrauisch gegenüber Kushida. Er bringt Horikita und Kushida unter dem Vorwand zusammen, die anderen Klassen zu beobachten, doch Horikitas Verhalten entspricht nicht ganz seinen Erwartungen. Am Tag des Sportfestes legt das rote Team dank Horikita und Sudō einen guten Start hin. Ayanokōji scheint das Ergebnis kaum zu interessieren.

Während sich das Sportfest dem Ende zuneigt, muss sich Horikita mit Sudō und außerdem Ryūens Drohungen auseinandersetzen.

Nach der Übergabezeremonie für das Amt des SV-Vorsitzenden erhält Ayanokōji plötzlich einen Anruf von Satō. In der Zwischenzeit werden die Ergebnisse der Zwischenprüfungen bekannt gegeben, nach denen es in Klasse D keinen einzigen Schulverweis gibt. Frau Chabashira kündigt jedoch eine weitere Sonderprüfung an, die als Semesterabschlussprüfung dient und als „Paper Shuffle“ bekannt ist.

Die Schüler beschließen, für die anstehende Paarprüfung Lerngruppen zu bilden, damit die ganze Klasse durchkommt. Währenddessen beschließt Horikita, endlich Kushida zu konfrontieren.

Ayanokōji freundet sich mit seiner Lerngruppe an. Währenddessen scheint Kushidas Plan aufzugehen …

Vor Weihnachten sind die Schüler guter Dinge. Auch Karuizawa genießt die weihnachtliche Atmosphäre in der Stadt. Als sie jedoch nach der Schule Zeit mit Satō verbringt, bemerkt sie, dass sie von einem Schüler der Klasse C verfolgt wird. Außerdem wird auch Ayanokōji während einer Lernsitzung von jemandem beobachtet …

Ayanokōji beendet abrupt die Zusammenarbeit mit Karuizawa, die ihre Verwirrung nicht verbergen kann. Während Klasse D über ihre Zukunftspläne berät, tauchen Ryūen und seine Clique aus Klasse C auf und zeigen sich von ihrer besten Seite.

Während Ryūen noch immer versucht, aus Karuizawa herauszubekommen, wer der Drahtzieher der Klasse D ist, setzt Ayanokōji die Hebel zur Rettung des Mädchens in Bewegung.

Nach dem Vorfall an der Turnhalle kehrt zu Weihnachten Romantik in die Schule ein.

Ayanokoji's class embarks on their first trial as the ascended Class C, the mixed training camp.

Ishizakis rebellische Art und Kōenjis Egoismus machen Yukimura als Verantwortungsträger der Gruppe Schwierigkeiten. Eine angespannte Situation. Ayanokōji hat unterdessen andere Sorgen …

Ichinose Honami aus Klasse B ist in Sakayanagis Fadenkreuz geraten. Nun wird ein übles Gerücht über sie verbreitet …

Es ist Valentinstag und es brodelt in der Gerüchteküche.

Sakayanagi behauptet, das Gerücht über Ichinose würde stimmen und dass sie es beweisen könnte. Zur Überraschung aller tritt Ichinose vor ihre Mitschüler und erzählt ihnen vom schwarzen Fleck in ihrer Vergangenheit.

Klasse C hat die Jahresabschlussprüfung ausnahmslos überstanden. Doch die Schulleitung sieht offenbar Anlass für eine Sonderprüfung …

Der Wahltag der Sonderprüfung steht bevor. Die Klassen B und C sehen sich mit den Schwächen ihrer jeweiligen Art des Zusammenhalts konfrontiert. Honami will für ihre Klasse durchs Feuer gehen. Suzune weiß, dass sie gefragt ist, doch Selbstzweifel hindern sie.

Nach einem Gespräch mit ihrem Bruder Manabu schlägt Horikita Yamauchi als denjenigen vor, der verwiesen werden sollte. Er hat nicht nur wenig zur Klasse beigetragen, sondern auch mit Sakayanagi in Klasse A kooperiert, um Ayanokōji loszuwerden.

Nach den Verweisen am Ende der Zusatzprüfung offenbart Sakayanagi Ayanokōji, dass diese ein abgekartetes Spiel war, um ihn loszuwerden. Während ihres Gesprächs taucht ein Mann auf, der angibt, in naher Zukunft den Schulvorstand zu vertreten, und eine Nachricht für Ayanokōji hat. Auch steht die letzte Sonderprüfung des Schuljahrs an, die Ayanokōji und Sakayanagi schließlich zu ihrem Duell erklären.

Klasse C überlegt sich verschiedene Strategien für die Sonderprüfung, aber allen fehlt das gewisse Etwas. Hirata bleibt enttäuscht über das Ergebnis der Klassenwahl. Ayanokōji spricht Hirata an, der sich gegenüber Mii-chan, die sich Sorgen um ihn macht, sehr abweisend verhält.

Die Schüler von Klasse A und C treten in verschiedenen Disziplinen gegeneinander an, die zufällig ausgewählt werden. Ayanokōji und Sakayanagi beobachten als Spielemacher alles und greifen an entscheidenden Stellen ein.

Die Schüler haben sich jedoch im Laufe des Jahres weiterentwickelt. Insbesondere Horikita, die als Anführerin an Stärke gewonnen hat. Sie bittet nun darum, das Bündnis mit Klasse B aufzulösen.

Es sind Frühlingsferien. Shiina lädt Ayanokōji ein, um sich mit ihm über Bücher zu unterhalten. Unterdessen erscheint Kanzaki aus Klasse B vor Ryūen, während dieser ein geheimes Treffen mit Hashimoto hat. Obwohl die Klasse besiegt wurde, begegnet Kanzaki Ryūen ohne jede Scheu.