Daniel "Hondo" Harrelson inizia ad essere combattuto tra la lealtà verso le strade in cui è cresciuto e il dovere verso i suoi colleghi, quando ha il compito di dirigere la SWAT dopo che il suo caposquadra è stato licenziato.

Hondo e il team SWAT si dividono per Los Angeles alla ricerca di quattro detenuti evasi, incluso un violento criminale che Jessica aveva aiutato a portare alla giustizia, prima che il rivale del dipartimento Mumford e il suo team li battano negli arresti.

Hondo mette da parte i suoi dubbi sulla sconsideratezza di Jim Street e permette al novizio di andare sotto copertura come broker in un anello di furto di auto di lusso per spaccare uno spietato trafficante.

Hondo e il team SWAT vengono obbligati a lavorare durante le vacanze di Natale quando un cartello della droga è in cerca di sangue dopo che il loro deposito di lingotti d’oro viene trafugato.

Quando una denuncia per cattiva condotta presentata ai danni di Hondo lo fa rimuovere dal servizio attivo, Deacon si fa avanti per condurre il team alla ricerca di una banda di rapinatori che sta colpendo i dispensari di marijuana.

Mentre il team SWAT si introduce in una rivolta in prigione per salvare degli ostaggi civili, Hondo sospetta che i detenuti abbiano un motivo ulteriore dietro l’insurrezione.

Hondo e il team SWAT uniscono le forze con l’FBI per una caccia all’uomo alla ricerca dei membri di un gruppo di milizia che pianificano un attacco terroristico domestico usando il cianuro come arma.

Michael Plank, il Presidente della Commissione di polizia scopre la relazione segreta di Hondo e Jessica. Nel frattempo un fuggiasco è entrato in America senza documenti e la S.W.A.T. e i federali si trovano al centro di un dibattito sull'immigrazione in tutta la città.

L'episodio inizia con un periodo indietro di due anni, quando il comandante della S.W.A.T era ancora Buck e Luca non riuscì a salvare la vita di un ragazzo. L'episodio ritorna al presente e Hondo e la squadra vanno a caccia di un serial killer che è sfuggito alla giustizia proprio due anni prima fingendo la sua morte.

Una volta la mese la SWAT deve pattugliare le strade, Chris sarà in coppia con Mumford in una volante della polizia, Street con Tan, mentre Luca e Deacon si occupano di ragazzini problematici. Intanto Hondo dovrà occuparsi di suo padre.

Jim Street riflette se la madre, Karen, dovrebbe vivere con lui dopo il rilascio dalla prigione dopo che Hondo e Chris lo avvertono dei problemi che questo potrebbe causargli. Inoltre, Hondo e il team vengono assegnati alla protezione di Irina Zemanova, una giornalista russa di alto profilo in visita a Los Angeles.

Merc fanno un irruzione in un locale dei Jackal. Deacon convince Hondo ad andare a parlare con Hawkins, un ex poliziotto che aveva agito sotto copertura infiltrandosi nei Merc.

La squadra di Hondo deve fermare un gruppo che si fa chiamare "I Supremi Patrioti", i quali credono che una minoranza di neri voglia uccidere alcuni poliziotti bianchi.

La squadra si trova in una situazione di stallo. Trafficanti di esseri umani tengono in ostaggio dei bambini ma durante questa operazione un grave terremoto colpisce Los Angeles mettendo a rischio il salvataggio dei bambini.

Hondo e Chris devono infiltrano su una nave da crociera dirottata per minare il piano dei dirottatori di dirigersi in Messico con la droga. Il resto della squadra lavora per identificare i criminali.

Nel loro giorno libero, Street e Chris aiutano Luca a ristrutturare la sua nuova casa, presto dovranno ricorrere allo zio di Chris, un costruttore che si occuperà della casa. Fuori dalla casa,mettono in riga un gruppo di gangster che occupano il parco per bambini.

Hondo riabbraccia una vecchia fiamma quando collabora insieme all'FBI per arrestare un gruppo di separatisti giapponesi. Intanto, la SWAT lotta per vincere un torneo di beneficenza contro i Vigili del Fuoco.

Due agenti di polizia sono brutalmente uccisi. La Swat cerca di scavare nel loro passato sapendo che Cris aveva lavorato con loro anni fa e aveva notato molte incongruenze negli arresti che facevano.

La squadra indaga su un furto d'auto, tutto si complica quando trovano l'eroina nascosta nelle auto. Nel frattempo, Hondo si fa carico di Daryl e sua madre.

Il team SWAT deve proteggere un hotel pieno di civili dopo che una missione della task force congiunta con la Divisione Gang della LAPD è andata storta e la maggior parte della città.

Chris porta la squadra SWAT nella sua missione personale per salvare un'adolescente da un carismatico leader religioso predatore che usa la sua chiesa per un guadagno illecito. Inoltre, Hondo riceve notizie preoccupanti su Darryl relativo a Leroy, il padre di Darryl, che è stato rilasciato dalla prigione, e la pianificazione del matrimonio di Tan ha un intoppo.

La squadra SWAT va a caccia di un cecchino che sta prendendo di mira i vigili del fuoco di Los Angeles appiccando incendi in tutta la città per attirare le ignare società di motori. Inoltre, la rivalità tra Chris, Street e Tan aumenta quando Tan scopre che c'è un pool di scommesse interno su chi di loro vincerà la competizione per la leadership SWAT. E la relazione tra Street e Molly è messa a dura prova dalla sua complicata storia con la madre imprigionata.