Shino Aburame, der Klassenlehrer, hat die Schüler angewiesen, sich in Teams nach Mädchen und Jungen aufzuteilen und um die auf dem Dach platzierte Flagge zu kämpfen. Boruto, der um jeden Preis früher als die Mädchen an der Flagge ankommen will, versucht sich an einem hochrangigen Jutsu, dem Jutsu des vertrauten Geistes, doch es läuft anders als geplant.

Dank seiner mysteriösen Augen ist es Boruto gelungen in die andere Dimension eindringen. Verzweifelt versucht er, den Feind umzustimmen. Dieser zielt auf die Zerstörung des Dorfes durch die Waffe Gozu Tenno ab, die die Macht der Bestie Nue nutzt. Doch können Borutos Gefühle den seit ewigen Zeiten vorhandenen Fluch brechen?

Der Geist-Fall, der im ganzen Dorf auftrat, wurde zwar aufgelöst, doch seitdem kann Boruto seine rätselhafte Kraft nicht mehr hervorrufen. Sowohl im Dorf, als auch an der Akademie, scheinen alle wieder zum Alltag zurück zu kehren, doch für Boruto und seine Klassenkameraden gibt es noch eine Sache, die sie beunruhigt.

Sasuke erscheint wieder auf die Bildfläche. Doch kaum tritt er aus seinem Portal, wird er von einem mysteriösen Jungen angegriffen. Zwar gewinnt Sasuke die Oberhand, doch der Fremde verschwindet spurlos. Sasuke schickt Naruto eine Nachricht über den Jungen, der über das Sharingan verfügt. Naruto beschließt, sich mit Sasuke zu treffen.

Bei ihrem Ausflug nach Kirigakure steht der Besuch im Büro des neuen Mizukage an. Dort treffen sie neben Chojuro auch auf Mei, die ehemalige Mizukage. Chojuros Rede über die Einheit der Dörfer langweilt Boruto jedoch und so hat der Kage ein Nachsehen und verschont die Schüler mit weiteren Ansprachen. Als Kagura später die Geschichte des Mizukage weitererzählt, gerät Iwabee ins Grübeln.

Shizuma erklärt Kirigakure den Krieg und verkündet sein Ziel: das Blutnebeldorf wieder erblühen zu lassen. Boruto und Sarada überreden Chojuro, ihnen zu helfen, Shizumas Bande zu beseitigen und Kagura zu retten. Doch schnell müssen sie feststellen, dass die neuen Sieben Shinobi-Schwertkämpfer nicht zu unterschätzen sind.

Zwischen Buntan und Sarada entbrennt ein gnadenloser Kampf um Leben und Tod. Doch durch ihr gut trainiertes Sharingan kann Sarada immer wieder den Blitzen ausweichen. Buntan ist gleichzeitig fasziniert und angewidert von Saradas Kampfkünsten. Sie sieht eine angeborene Fähigkeit wie das Sharingan als unfairen Vorteil und einfacheren Weg zu großer Kraft.

Nach der schriftlichen Abschlussprüfung müssen die Genin in einer praktischen Prüfung ihre Kampfkünste unter Beweis stellen. Und so heißt es: Lehrer vs. Schüler. Auch Kakashi, der Sechste Hokage, ist mit von der Partie. Die Schüler müssen sich Kakashis berühmt berüchtigter Glöckchen-Prüfung unterziehen. Die Aufgabe ist nicht leicht, denn die Erwachsenen halten sich keineswegs zurück.

Es stellt sich heraus, dass der Bombenalarm im Einkaufszentrum ein Ablenkungsmanöver war. Unbekannte haben während des Polizeieinsatzes einen wertvollen Edelstein gestohlen. Mit Hilfe des Forschers Katasuke findet Team 7 heraus, dass der gestohlene Edelstein bald verkauft werden soll. Boruto, Sarada und Mitsuki wollen sich als Interessenten ausgeben, doch die Übergabe endet anders, als geplant.

Boruto hat es geschafft mit Hilfe der Ninjawerkzeugtechnik Sasukes Schüler zu werden. Er erkennt schnell wie hilfreich Katasukes Erfindungen sind. Sasukes nimmt ihn beim Training recht hart ran.

Boruto, Sarada und Shikadai kriegen es mit Kokuyo zu tun. Er erweist sich als ziemlich harter Hund und macht ihnen mit seinen Kampfkünsten ordentlich die Hölle heiß.

Mitsuki hat Ku und die Schöpfungen verraten. Jedoch will Ku ihn nun unter allen Umständen töten. Da er jedoch verletzt ist, zieht er sich vorerst zurück, um seine Wunde zu versorgen und ein Herz transplantiert zu bekommen. Währenddessen versucht Mitsuki, Sekiei zu überzeugen, auf seine Seite zu wechseln.

Boruto und sein Team haben die mögliche Ursache für den Amoklauf der Vögel gefunden. Jedoch müssen sie gegen Jugo kämpfen, der sich völlig im Fluchmal-Modus befindet.

Um Urashiki zu täuschen, starten Boruto und Shinki ein Ablenkungsmanöver. Boruto opfert sich, damit Shinki Shukaku sicher nach Konoha bringen kann.

Boruto und Mitsuki trauen Kokuri und noch nicht so richtig über den Weg und wollen herausfinden, wo er das gestohlene Geld versteckt hat. Sie stellen ihm eine Falle, um Antworten auf ihre Fragen zu bekommen. Dabei kommt sein großes Geheimnis ans Licht.

Team 15 ist ein starkes Team wegen ihrer neuen Teamkameradin, Tsubaki. Aber individuelle Stärke ist nicht alles, um die Leistungen eines Teams zu bewerten. Das wird ihnen klar, als Denki ihnen ihre Leistungen von den Missionen vor Augen führt.

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Borutos Team hat sich für kurze Zeit mit Hiruga verbündet, um seinen Bruder Asaka vor der drohenden Gefahr zu warnen. Deepa ist ihm und den Hashirama-Zellen bereits auf den Fersen. Es kommt zum Kampf.

Boruto und Sarada haben ihren Rückkampf gegen Deepa. In der Zwischenzeit kriegt es Konohamaru mit Victor zu tun. Wie wird der Kampf um die Frucht des Götterbaums ausgehen?

Boruto und sein Team begeben sich mit Professor Katasuke auf den Weg, um Konohamaru und Mugino zu suchen. Als sie bei der Absturzstelle des Luftschiffs ankommen, werden sie von Puppen angegriffen.

Boruto und Team 7 starten ihre Operation gegen Ao. Jedoch kann Ao dank des Handschuhs von Professor Katasuke die Jutsu seiner Gegner absorbieren. Werden unsere Helden ihm etwas entgegenzusetzen haben?

Der Kampf zwischen Naruto und Delta spitzt sich zu. Naruto hat sich einen Plan zurechtgelegt, um Delta schnell außer Gefecht zu setzen. Wird er ihm gelingen?

Durch den Riss im Raum gelangen Boruto, Kawaki, Sarada und Mitsuki in die Dimension, wo sich auch der versiegelte Naruto befindet. Er wird von Boro bewacht, der es ebenfalls auf Kawaki abgesehen hat. Ein stürmischer Kampf entfaltet sich.

Der Kampf zwischen Jigen und Koji geht in die heiße Phase. Koji packt einen Trick aus, mit dem er Jigens Absorptionsfähigkeit überlisten kann. Doch Jigen hat darauf bereits eine passende Antwort.

Die Finalrunde der Chunin-Auswahlprüfung steht bevor. Die Kampfpaarungen werden erst vor Beginn der Finalrunde bekannt gegeben. Die zehn Kandidaten nutzen den verbleibenden Tag, um noch mal viel zu trainieren.

Die erste Kampfpaarung der finalen Runde der Chunin-Auswahlprüfungen wird bekannt gegeben. Hoki Taketori tritt gegen Inojin Yamanaka an. Wer der beiden wird den Sieg erringen und zu einem Chunin werden?

Denki und Team 5 bekommen vom Siebten ihre erste B-Rang-Mission. Was für ein verrücktes Abenteuer werden sie wohl erleben?

(* Filler-Folge gemäß animefillerlist.com)

Boruto, Kawaki und Buntan schleichen sich in die Festung der Funato-Piraten ein. Dort entdecken sie eine Waffe, die aus Ninja-Werkzeugtechnik gebaut wurde. Mit dieser riesigen Chakra-Kanone will der Funato-Klan das Wasserreich in Angst und Schrecken versetzen.

Seiren und die Anhänger der Funatos starten ihren Angriff auf die Schiffsbauinsel. Seiren hat es direkt auf Boruto abgesehen, der ihrer Kampftechnik nichts entgegenzusetzen hat.

Boruto bietet Ikada sein Leben an, damit er dem Krieg Einhalt gebietet. Wird Ikada darauf eingehen oder letztlich doch an seiner Rache festhalten?

Boruto und Kakashi beobachten, wie sich zwei ältere Herren streiten. Kakashi will sich raushalten, aber Boruto versucht den Streit zu schlichten. Er findet heraus, dass es bei ihrem Streit um die Veranstaltung des Feuerwerks geht.

Kawaki bekommt von Naruto eine streng geheime Mission aufgetragen. Er soll eine Prinzessin beschützen, die als Austauschschülerin die Ninja-Akademie besucht. Aus dem Grund tritt Kawaki auch in die Akademie ein und beginnt seine verdeckte Mission.

Osuka und Himawari werden von drei Männern entführt. Sie wollen von Osukas Mutter Lösegeld erpressen. Jedoch bemerkt Kawaki schnell, dass etwas nicht stimmt, da Himawari nicht zum Treffen mit Kae erschienen ist. Zusammen machen sie sich auf die Suche nach den beiden.

Kawaki und Himawari haben gesehen, wie Hana-sensei Kae getötet hat. Himawari kann das alles nicht glauben und bezweifelt, dass sie wirklich tot ist. Mit den anderen Schülern überlegen sie sich einen Weg, um Hana-sensei aufzuspüren.

Boruto und die anderen Passagiere des Zuges wachen plötzlich in einem unbekannten Raum auf. Sie werden von einem alten Mann begrüßt, der Experimente mit ihnen machen möchte. Bei diesen Experimenten geht es jedoch um Leben und Tod.

Sasuke hat sich wieder auf die Reise begeben, um neue Informationen über die Überbleibsel von Kara zu sammeln. Auf seinem Weg erinnert er sich an eine Geschichte aus seiner Vergangenheit, als Naruto von einer mysteriösen Krankheit heimgesucht wurde.

Sasuke und Sakura sind der Lösung für das Rätsel der Himmelszeichnungen dicht auf der Spur. Jedoch sind sie nicht die Einzigen, die es auf die Extrempartikel abgesehen haben.

Boruto und Kawaki werden die ganze Zeit vom Sensorteam überwacht, damit sie sich nicht aus dem Dorf entfernen. Jedoch schmiedet Kawaki einen Plan, um seine Chakra-Signatur zu löschen und sich wegzuschleichen.