Nous retrouvons notre cher Phoenix Wright dans une situation bien périlleuse. Alors que la séance est sur le point de commencer, il reçoit un coup à la tête et perd la mémoire, le gardien de la paix Maguy Loiseau, accusée de meurtre sur son petit ami, semble vraiment ne pas avoir de chance.

Un cambrioleur fait des ravages ! Mask Demasque semble échapper à la police une fois de plus. Cette fois, il s'en est pris à l'urne sacrée de Kurain, qui devait être la pièce maîtresse d'une exposition sur le point d'ouvrir. Maya et Pearl, invitées en amont de cette ouverture, sont remontées et déterminées à retrouver le trésor de leur village natal et à coincer le coupable.

Le procès approche. Phoenix va devoir défendre Henri Duplaisir, accusé d'être Mask DeMasque. Malheureusement, il n'a pas réussi à convaincre Maya d'être à ses côtés pour défendre le voleur présumé de l'urne sacrée de son village natal. Il va falloir redoubler d'ingéniosité pour lutter face au procureur Godot, encore invaincu, paraît-il...

Suite au précédent procès et à l'alibi de Henri Duplaisir, son client, Phoenix se retrouve à le défendre une nouvelle fois, puisque ce qui le disculpe dans l'affaire du vol de l'urne prouve qu'il était dans le bureau de son ancien patron chez CT Sécurisé, à l'heure où celui-ci a été tué...

L'affaire va devoir trouver une conclusion au cours des deux procès qui ont lieu simultanément. Matt Moissat est accusé du cambriolage de l'urne du village Kurain tandis que Henri Duplaisir risque d'être condamné pour le meurtre de Ken Bullard, son ancien patron. Le procureur Godot semble serein, à Phoenix de lui faire avaler de travers son café !

Magguy Loiseau, qui avait déjà frappé Phoenix et Maya par son infortune, vient d'être accusée de meurtre une nouvelle fois ! Et ce coup-ci, elle a même été condamnée à cause d'une défense désastreuse de... Phoenix Wright ?

Après le fiasco du procès précédent de Maguy Loiseau, marqué par des témoignages bien trop divergents pour conclure quoi que ce soit, Phoenix et Maya enquêtent de nouveau sur l'affaire. Très vite, les pistes vont se multiplier autour du patron du restaurant.

Après leurs investigations, Phoenix et Maya doivent se rendre au tribunal pour le procès de Maguy Loiseau, toujours accusée du meurtre de Marc Ram. Pour l'innocenter, il va falloir expliquer les nombreuses contradictions autour de l'enquête, et notamment des témoignages accablant Maguy.

Phoenix et Maya sont invités à voyager à bord d'un train à vapeur, l'Étoile d'argent, à l'occasion de sa mise en service. Par un heureux hasard, le juge ainsi que l'inspecteur Tektiv ont également gagné leurs places pour le voyage. Ce train luxueux isolé sur une voie anciennement abandonnée est bien mystérieux, tout comme la raison pour laquelle Maya et Phoenix ont été invités alors qu'ils ne connaissent pas Richard Lhéritier, le riche propriétaire du train.

Le nouveau procès de Richard Lhéritier s'ouvre, mais le procureur Barrey annonce la couleur : celui-ci ne pourra pas inverser le jugement du procès américain. C'est une lutte acharnée qui s'annonce entre Phoenix et lui, et si l'hypothèse de l'accusation tient debout, très vite, les témoignages vont pointer du doigt un bandage qui pourrait cacher bien des secrets. De son côté, Tektiv tente de venir en aide à Maya et Nick, mais ce ne sera pas une mince affaire, puisqu'il ne peut même pas localiser leur voiture.

Le procès de Richard Lhéritier est sur le point de reprendre, mais les éléments tragiques qui viennent d'avoir lieu vont chambouler tout ça. Sans leur dernier témoin, Phoenix et Maya sont dans l'impasse. Il va en falloir, des rebondissements, pour que nos héros puissent innocenter l'accusé dans ce projet. Et puis, on ignore toujours où leur wagon a bien pu passer.

Nous revenons cinq ans dans le passé, à une époque où Phoenix n'était encore qu'étudiant, pour assister à un procès particulièrement marquant pour notre avocat : celui durant lequel il a été accusé de meurtre. Qu'en est-il vraiment ? A-t-il pu se sortir de ce pétrin ? C'est Mia qui a pris en charge le dossier et défend notre Phoenix. Seulement, ce n'est que la deuxième affaire de la jeune avocate qui va devoir lutter face à un procureur qui ne va pas se gêner pour moquer l'inexpérience de la défense.

Pearl a un gros problème : elle a cassé un énorme coquillage que lui avait offert Maya ! Elle semble étrangement vraiment désemparée et insiste pour que Phoenix l'accompagne à la plage pour en retrouver un similaire. Cette histoire va remuer bien des souvenirs pour Pearl et Maya...

Mia nous conte ses débuts en tant qu'avocat et sa toute première affaire. Diego Armando l'aide à tenter d'innocenter son client, Régis Florimet, un condamné à mort pour meurtre qui s'est évadé et est suspecté d'avoir assassiné en représailles le témoin de l'affaire qui lui a valu sa condamnation cinq ans plus tôt.

Mia et Diego sont toujours aux prises avec le procureur Hunter. Régis Florimet, le client de Mia, semble avoir du mal à envisager que Dahlia Plantule l'a peut-être trahi. Qui aura le fin mot de l'histoire ? Cette affaire pourrait marquer les débuts de carrière de Mia et du procureur Hunter.

Maya part en montagne pour suivre un stage d'entraînement intensif au channeling au temple Hazakura, à deux pas du pont du Néant, théâtre de faits sordides lors du tout première procès de Mia. Elle est accompagnée par Phoenix et Pearls. Très vite, les lieux vont étonner nos héros, tout comme les personnes qu'ils vont rencontrer. Une grande affaire est sur le point d'éclater.

Le procureur Hunter, chargé de défendre Iris à la place de Phoenix par celui-ci, découvre le lieu du crime et les alentours du temple Hazakura. Il interroge Mme Bikini et Paul afin de se préparer pour le procès, son tout premier en tant qu'avocat. Quant à Maya, elle est toujours hors d'atteinte.

Hunter compte sur le témoignage de Paul pour trouver le moyen d'innocenter Iris. Malheureusement, l'apprenti de la défunte est comme à son habitude d'une fiabilité toute relative. L'avocat va devoir trouver le moyen de se dépêtrer de ce mauvais pas s'il veut tenir la promesse qu'il a faite à Phoenix.

Phoenix reprend l'enquête en main. Toujours inquiet pour Maya, il met la main sur des éléments troublants à propos de Mme Deauxnim. Ce nom serait-il un nom de plume qui cache une identité bien plus familière à nos protagonistes ? Il va falloir enquêter pour en avoir le cœur net !

Alors que Phoenix espère que sœur Iris va pouvoir libérer Maya de sa prison, il apprend que celle-ci est en réalité au tribunal et se prépare pour témoigner. Le procureur Godot va faire face à notre avocat, et la déclaration que s'apprête à faire Iris pourrait bien chambouler toute l'affaire et mettre dans l'embarras une absente.

Le procès a pris une étrange tournure, puisque ce n'est pas sœur Iris qui est en train de témoigner, mais l'invocation de Dahlia Plantule. En plus des mystères déjà nombreux dans cette affaire, cela soulève tout un tas de questions que Phoenix va devoir éclaircir : ce qu'elle fait là, quelle est son implication dans l'affaire mais également toujours... où est Maya ?

Avec le retour de Maya, il ne reste plus qu'un secret à éclaircir pour Phoenix Wright : qui as tué Misty Fey ? Ce procès dramatique va prendre une tournure inattendue tandis que Maya est auditionnée comme témoin.