Mit den Wissenschaftlern Dr. Rachel Scott und Dr. Quincy Trophet an Bord kreuzt die USS Nathan James unter Kommando von Captain Tom Chandler in der Arktis. Doch erst als die Wissenschaftler von Unbekannten angegriffen werden, erfährt Chandler, dass sie auf der Suche nach einem Impfstoff gegen eine Seuche sind, die bereits einen Großteil der Menschheit dahin gerafft hat.

Chandler und seine Crew hoffen, in der US-Militärstation in Guantanamo Bay ihre Vorräte auffüllen zu können. An Land wird die Mannschaft von entflohenen Häftlingen angegriffen, bekommt aber überraschende Hilfe.

Die Mannschaft der James sieht sich einem neuen Gegner gegenüber, der von Chandler verlangt, Rachel und ihre Erkenntnisse über den Virus zu übergeben. Als dieser ablehnt, wird es brenzlig für die gesamte Crew und der Captain wird zu einigen riskanten Manövern gezwungen. Bald stellt sich heraus, dass der Gegner selbst an einem Impfstoff für den Virus arbeitet.

Rachel steht kurz vor dem Durchbruch bei ihrer Suche nach einem Impfstoff. Um das Präparat an Affen testen zu können, führt Chandler ein paar Männer in den Urwald von Nicaragua. Unterwegs treffen sie auf einen ehemaligen Drogenboss, der sich mit einer kleinen Gruppe in den Urwald zurückgezogen hat und diese als Diktator zusammenhält. Chandler findet sich in einem moralischen Dilemma wieder.

Bei Lt. Danny Green bricht eine mysteriöse Krankheit aus, bei der es sich um das Virus handeln könnte. Auf dem Schiff bricht Panik aus und die Mannschaft verliert den Glauben an Rachel und ihre erfolglosen Versuche einen Impfstoff zu entwickeln. Chandler weiß, dass das Überleben Aller in Gefahr ist, wenn er es nicht schafft, seine Crew zusammen zu halten.

Die James empfängt einen Notruf nahe Jamaica, woraufhin Captain Chandler und ein kleines Team einen Rettungsversuch starten. Doch bei einem Überraschungsangriff verliert das Rettungsteam den Kontakt zum Schiff und Chandler und Tex bleiben isoliert zurück. Slattery und die Mannschaft versuchen verzweifelt, die Verschollenen wiederzufinden, bevor sie dem Feind in die Hände fallen.

Während Chandler und Tex noch verschollen sind, hat Slattery das Kommando übernommen. Die Ereignisse überschlagen sich: das Schicksal der gesamten Menschheit steht auf dem Spiel und gleichzeitig ist Slatterys Kapitän und Freund in höchster Gefahr. Er muss einen Weg finden, seine Leute zu retten und gleichzeitig den wertvollsten Besitz der James nicht zu verlieren: den Prototyp für den Impfstoff.

Rachel und Chandler suchen sechs Freiwillige, um den Impfstoff am Menschen zu testen. Währenddessen geben Chandlers Ehefrau und sein Vater auf dem Festland alles, um die Familie am Leben zu halten.

Auf dem Festland hat eine ehemalige hochangesehene Politikerin die Kontrolle übernommen, doch ein Rebellenführer bedroht die neu entstehende Gesellschaft. Nachdem Chandler die Crew sicher zurückgeführt hat, macht er sich auf, seine Familie zu retten. Dabei macht er eine schreckliche Entdeckung.