Mit den Wissenschaftlern Dr. Rachel Scott und Dr. Quincy Trophet an Bord kreuzt die USS Nathan James unter Kommando von Captain Tom Chandler in der Arktis. Doch erst als die Wissenschaftler von Unbekannten angegriffen werden, erfährt Chandler, dass sie auf der Suche nach einem Impfstoff gegen eine Seuche sind, die bereits einen Großteil der Menschheit dahin gerafft hat.

Chandler und seine Crew hoffen, in der US-Militärstation in Guantanamo Bay ihre Vorräte auffüllen zu können. An Land wird die Mannschaft von entflohenen Häftlingen angegriffen, bekommt aber überraschende Hilfe.

Die Mannschaft der James sieht sich einem neuen Gegner gegenüber, der von Chandler verlangt, Rachel und ihre Erkenntnisse über den Virus zu übergeben. Als dieser ablehnt, wird es brenzlig für die gesamte Crew und der Captain wird zu einigen riskanten Manövern gezwungen. Bald stellt sich heraus, dass der Gegner selbst an einem Impfstoff für den Virus arbeitet.

Einige Tage nach den Geschehnissen in Guantanamo werden Captain Chandlers Führungsqualitäten erneut auf die Probe gestellt, als das Antriebssystem des Schiffs beschädigt wird und beinahe Dr. Scotts Forschungsergebnisse verloren gehen. Weil die Mannschaft übermüdet ist und der Trinkwasservorrat zur Neige geht, ist die Stimmung auf dem Schiff extrem angespannt.

Rachel steht kurz vor dem Durchbruch bei ihrer Suche nach einem Impfstoff. Um das Präparat an Affen testen zu können, führt Chandler ein paar Männer in den Urwald von Nicaragua. Unterwegs treffen sie auf einen ehemaligen Drogenboss, der sich mit einer kleinen Gruppe in den Urwald zurückgezogen hat und diese als Diktator zusammenhält. Chandler findet sich in einem moralischen Dilemma wieder.

Bei Lt. Danny Green bricht eine mysteriöse Krankheit aus, bei der es sich um das Virus handeln könnte. Auf dem Schiff bricht Panik aus und die Mannschaft verliert den Glauben an Rachel und ihre erfolglosen Versuche einen Impfstoff zu entwickeln. Chandler weiß, dass das Überleben Aller in Gefahr ist, wenn er es nicht schafft, seine Crew zusammen zu halten.

Die James empfängt einen Notruf nahe Jamaica, woraufhin Captain Chandler und ein kleines Team einen Rettungsversuch starten. Doch bei einem Überraschungsangriff verliert das Rettungsteam den Kontakt zum Schiff und Chandler und Tex bleiben isoliert zurück. Slattery und die Mannschaft versuchen verzweifelt, die Verschollenen wiederzufinden, bevor sie dem Feind in die Hände fallen.

Während Chandler und Tex noch verschollen sind, hat Slattery das Kommando übernommen. Die Ereignisse überschlagen sich: das Schicksal der gesamten Menschheit steht auf dem Spiel und gleichzeitig ist Slatterys Kapitän und Freund in höchster Gefahr. Er muss einen Weg finden, seine Leute zu retten und gleichzeitig den wertvollsten Besitz der James nicht zu verlieren: den Prototyp für den Impfstoff.

Rachel und Chandler suchen sechs Freiwillige, um den Impfstoff am Menschen zu testen. Währenddessen geben Chandlers Ehefrau und sein Vater auf dem Festland alles, um die Familie am Leben zu halten.

Auf dem Festland hat eine ehemalige hochangesehene Politikerin die Kontrolle übernommen, doch ein Rebellenführer bedroht die neu entstehende Gesellschaft. Nachdem Chandler die Crew sicher zurückgeführt hat, macht er sich auf, seine Familie zu retten. Dabei macht er eine schreckliche Entdeckung.

Nach den schrecklichen Ereignissen in Baltimore schließen sich Captain Chandler und seine Mannschaft einer Widerstandsorganisation an, die aus dem Untergrund agiert und Amy Granderson zu Fall bringen will. Während Rachel versucht, den Kranken zu helfen, setzen Slattery und der Rest der Crew alles daran, die Kontrolle über die Nathan James zurückzugewinnen.

Nach den schrecklichen Ereignissen in Baltimore schließen sich Captain Chandler und seine Mannschaft einer Widerstandsorganisation an, die aus dem Untergrund agiert und Amy Granderson zu Fall bringen will. Während Rachel versucht, den Kranken zu helfen, setzen Slattery und der Rest der Crew alles daran, die Kontrolle über die Nathan James zurückzugewinnen.

Die Mannschaft der Nathan James ist fest entschlossen, den Impfstoff in großen Mengen herzustellen und ihn anschließend zu verteilen. Nachdem Captain Chandlers Familie sicher an Bord ist, erlaubt der Captain seiner Crew, an Land zu gehen und dort nach ihren Familien zu suchen. Wer kann seine Angehörigen wiederfinden? Und werden jene, denen das gelingt, überhaupt zum Schiff zurückkehren?

Die Crew erfährt, dass das Lazarettschiff Solace aufs Meer geschickt wurde, um dort auf die Medizin zu warten. Captain Chandler glaubt, für seine Flotte ein weiteres Schiff zu gewinnen, während Rachel unbedingt in einem besser ausgestatteten Labor arbeiten will, um den Impfstoff schneller herstellen zu können. Als Chandler und sein Team an Bord gehen, erleben sie jedoch eine böse Überraschung.

Chandler und seine Crew konnten auf der Solace ein paar Überlebende finden und müssen nun einen gefährlichen Feind ins Visier nehmen - ein Atom-U-Boot, das unter der Leitung der skrupellosen britischen Offiziere Sean und Ned Ramsey steht. Slattery versucht indes, einen gefangen genommenen Söldner vom Krankenschiff zu befragen, um mehr über das U-Boot und dessen Mission in Erfahrung zu bringen.

Chandler ist wild entschlossen, die Zerstörung des Labors zu rächen, und findet heraus, dass sich die immune Bevölkerung im Norden Floridas aufhält. Rachel stößt indes auf eine geheime Formel, die ihr Mentor Dr. Hunter perfektionierte, bevor er getötet wurde. Indes gelingt es Chandlers Team, den genauen Standort des Lagers auszumachen, das unter der Leitung von Sean und Ned Ramsey steht.

Während Slattery damit kämpft, dem U-Boot auf dem Meer auszuweichen, infiltrieren Chandler und sein Team das Lager der immunen Bevölkerung. Danny gibt sich als einer von Neds Arbeitern aus und erfährt, dass Niels inzwischen für die Ramseys arbeitet. In der Zwischenzeit gelingt es Captain Chandler, in den inneren Kreis des Lagers vorzudringen, dem auch ein wichtiger Regierungsbeamter angehört.

Rachel versucht nach wie vor, die Formel zusammenzusetzen, die ihr Mentor Dr. Hunter aufgestellt hatte und die teilweise verloren ging. Zu allem Überfluss muss sie sich mit der Tatsache arrangieren, dass ihr Todfeind Niels nun an Bord der Nathan James ist. Chandler versucht indes, den Regierungsbeamten Jeffrey Michener auf seine Seite zu ziehen, der einer Gehirnwäsche unterzogen wurde.

Niels hilft versehentlich, das Virus von seinem Gen zu isolieren und so einem "ansteckenden Impfstoff" den Weg zu bereiten. Chandlers Mannschaft trifft unterdessen eine Clique Jugendlicher, die sich mit Immunen zusammentun mussten, um zu überleben und Chandler versucht sie zu retten. Michener, der neue Präsident der Vereinigten Staaten, findet sich erst allmählich in seiner neuen Rolle zurecht.

Rachel steht unter Mordverdacht, doch sie arbeitet weiterhin an ihrer Idee, das Heilmittel ansteckend zu machen. Die Nathan James nähert sich New Orleans. Chandler und seine Mannschaft entdecken die zivile Flotte, die vor New Orleans ankert und auf der bis zu 10.000 Menschen in sicherem Abstand von dem Virus leben können. Doch dann kommt es zur Katastrophe.

Während ein Team der Nathan James die Kommunikationswege von Sean entschlüsselt und sein technisches Equipment auf einer Bohrinsel genauer untersucht, ist Team Cobra an Land unterwegs, um dort verletzten Menschen zu helfen, die bei der Bombardierung der zivilen Flotte verwundet worden sind. Doch nicht jeder von ihnen wird wird auf das Schiff zurückkehren.

Chandler heckt mit Hilfe seines Navigators einen Plan aus, um Sean und seine Leute in die Irre zu führen. Team Vulture begleitet den US-Präsidenten, Dr. Scott mit ihrem Heilmittel und die Teenager. Als sie einigen Infizierten helfen, erfahren sie von ihnen, dass die Immunen an Land schwere Geschütze aufgestellt haben, die die Nathan James erwarten.

Der Präsident der Vereinigten Staaten fordert die Bevölkerung der größeren Städte am Mississippi auf, sich zu versammeln, um das Heilmittel von der Nathan James in Empfang zu nehmen. Während Mac Dowell und sein Kalfaktor Curtis versuchen, die Aktion der Navy zu unterwandern, müssen Tex und Team Vulture alles geben, um eine Katastrophe zu verhindern.

Das Virus schien besiegt, als in Japan eine neue Welle der "Roten Grippe" ausbricht - mit einem angeblich mutierten Erreger. Zum Chief of Naval Operations befördert, soll Tom Chandler den Gerüchten vor Ort nachgehen. Captain Slattery und seine Crew liefern indes das Heilmittel nach Südostasien, doch das könnte gefährlicher werden als erwartet.

Chandler muss einen Weg zurück zu seiner alten Crew finden und mehr über einen gefährlichen neuen Feind herausfinden.

Während Chandler noch fieberhaft nach Antworten sucht, kommt Slattery der Wahrheit über seine Situation näher.

Während Chandler sich dem mutmaßlichen neuen Feind entgegen stellen muss und Slattery mehr über die angebliche Mutation des Rote-Grippe-Virus' erfährt, gerät Präsident Michener zunehmend unter Druck.

Chandlers Auftrag wird zunehmend kompliziert und Michener wird von den politischen Führern unter Druck gesetzt.

Chandler setzt seinen Plan in Bewegung und Michener muss sich mit der Zukunft seiner Präsidentschaft auseinandersetzen.

Die Nathan James muss einer übermächtigen Bedrohung entkommen, während Michener durch neue Informationen in eine furchtbare Situation gerät.

Amerika muss eine Tragödie verarbeiten, während Chandler versucht, mehr über die mögliche Mutation des Virus' zu erfahren

Kara stellt Nachforschungen im Weißen Haus an. Chandler bekommt indes einen Hinweis, der ihn endlich zu den erhofften Antworten führen könnte.

Als er einen seltsamen Befehl aus dem Weißen Haus erhält, steht Chandler vor einer schwierigen Entscheidung.

Kara schließt sich jemandem an, der ihr bei ihrer Mission helfen kann, und Chandler tritt seinem mächtigen Feind in einem entscheidenden Showdown gegenüber.

Chandler kehrt nach Amerika zurück um herauszufinden, was wirklich hinter den Vorkommnissen der letzten Zeit steckt.

Der Kampf um Amerika erreicht seinen Höhepunkt, während Chandler vor einer Aufgabe steht, die sein Leben für immer verändern könnte.

Sechzehn Monate nachdem sie Allisons Coup in Amerika im letzten Moment verhindern konnten, sieht sich die Crew der Nathan James erneut von einer globalen Katastrophe konfrontiert. Doch wo zum Teufel ist Tom Chandler?

Obwohl sie ihre einzige Spur verloren haben, sucht die Crew der Nathan James weiter nach einem Gegenstand, der die Menschheit retten könnte. Chandler stürzt sich derweil in seine Rachepläne.

Die Suche nach einem wertvollen Objekt führt die Crew der Nathan James an einen seltsamen Ort voll Opulenz und Gewalt, wo sie unerwartet auf einen Verbündeten treffen.

Die Crew der Nathan James sucht unter Hochdruck nach einem Teammitglied, während ihre Gegner sie von allen Seiten einkreisen. Slattery wird indes von Visionen aus der Vergangenheit heimgesucht.

Die Nathan James weicht von ihrem Kurs ab, nachdem die Crew einen verdächtigen Notruf von einem Fischtrawler empfängt.

Am Horizont braut sich ein gewaltiger Sturm zusammen, doch die Crew der Nathan James muss noch eine ganz andere Bedrohung bewältigen, um sich in Sicherheit bringen zu können.

Die Crew der Nathan James setzt ihre Suche fort und unternimmt eine Aufklärungsmission. Als ein alter Feind plötzlich wieder auftaucht, wird die Situation jedoch gefährlich.

Bei einer Undercovermission deckt Chandlers Crew verstörende Details aus Dr. Velleks Plänen auf.

Die Crew der Nathan James sieht sich mit einer Bedrohung konfrontiert, für die ihre bei der Navy erlernten Fähigkeiten nicht ausreichen könnten.

In einem letzten Kampf stellt sich Chandler seinem Feind - und seinen eigenen Dämonen. Kann er sie überwinden und die Menschheit retten?

Drei Jahre nach der weltweiten Hungerkatastrophe ist die US Navy erstmals wieder in der Lage, eine funktionierende Flotte zu präsentieren. Noch gar nicht lange ist es her, dass man die Rote Grippe besiegen konnte, eine Seuche, die den Fortbestand der Menschheit bedrohte. Doch schon droht das nächste Unheil am Horizont, welches zu einem neuen Weltkrieg führen könnte.

Die Crew der Nathan James braucht dringend eine gute Idee, wie sie mit dem begrenzten Waffenarsenal überleben sollen.

Nachdem einzelne Länder in Windeseile besetzt sind, versucht sich Chandler als Diplomat. Er will zwei eigentlich verfeindete Länder dazu bringen, sich zusammenzuschließen, um vereint einen gemeinsamen Feind zu bekämpfen.

Während die Nathan James und ihre Verbündeten alles unternehmen, um den gemeinsam Feind davon abzuhalten, weiter Richtung Norden zu gelangen, werden Chandlers schreckliche Visionen langsam Realität.

Nach monatelangen Kämpfen muss sich die Crew der Nathan James auf eine gefährliche Mission begeben, um wichtiges Material zu besorgen, das den Ausgang des Kriegsgeschehens beeinflussen könnte.

Die Crew der Nathan James muss die Hilfe eines bekannten Rebellenführers in Anspruch nehmen. Nur so sind sie letztlich in der Lage, ihre eigene Invasion voranzutreiben.

Das Vulture Team ist nach einem mehrere Tage andauernden Kampf sehr erschöpft. Dennoch muss es dem Team so schnell wie möglich gelingen, einen Weg zum versteckten Lager ihrer Feinde ausfindig zu machen.

Chandler erfährt, dass es in der Heimat zu einer schrecklichen Geiselnahme gekommen ist. Um nicht alles aufs Spiel zu setzen, was die Crew bereits erreicht hat, muss er schnell, aber klug handeln.

Die Crew der Nathan James bereitet sich auf ihre bislang wohl anspruchsvollste Mission vor.

Mitten im Krieg muss sich Chandler schließlich seiner schlimmsten Angst stellen. Um die Menschheit zu retten, begibt sich der Captain in große Gefahr.