Detective Erin Lindsay ist nach New York gezogen. Das Chicago Police Department steht unter genauer Beobachtung wegen Korruptionsvorwürfen. Das Team versucht, bei einem Waffendeal einzugreifen.

Als auf dem Chicago Straßenfest ein Lieferwagen explodiert, fällt der Verdacht auf den muslimischen Streifenpolizisten Frank Toma, der plötzlich wie vom Erdboden verschwunden ist. Hat er etwas mit dem Anschlag zu tun? Burgess versucht unterdessen verzweifelt Franks Unschuld zu beweisen.

Als eine junge Latina brutal ermordet wird, vermutet man zunächst, dass ihre Verbindungen zum Drogenhandel mit ihrem Tod zu tun haben könnten. Unter der Leitung von Antonio findet das Team jedoch bald heraus, dass ein anderes Motiv hinter ihrem Tod stecken könnte…

Während der Ermittlungen eines Mordes steht das Team dem Problem gegenüber, dass niemand in der Nachbarschaft eine Aussage machen will - aus Angst als Verräter dargestellt zu werden. Atwater entdeckt indes eine persönliche Verbindung zu dem Fall.

Während das Team in einem Drogenlabor eine Razzia durchführt, macht es eine furchtbare Entdeckung. Atwater ist sich nicht im Klaren, ob es für Jordan und Vinessa sicherer wäre, Chicago zu verlassen.

Eine scheinbar intakte Familie wird in ihrem eigenen Zuhause erschossen. Hank Voight möchte Vice Seargeant Sean McGrady um Hilfe bitten, doch auch er ist einem Mörder zum Opfer gefallen.

Das Team ist verzweifelt auf der Suche nach einem entführten Jungen. Die Suche führt sie zu einem ehemaligen Army Ranger. Halstead hat einen Plan! Er will seine Erfahrung als Ranger nutzen, um verdeckt zu ermitteln und an geheime Informationen zu kommen - Voight ist überzeugt und willigt ein.

Der Kongressabgeordnete Scott Graynor, ein Freund von Voight, wird bewusstlos in einem Hotelzimmer gefunden - neben ihm ein totes, ukrainisches Mädchen. Das Team entdeckt, dass der Mordfall mit einem Fall zusammenhängt, an dem Burgess Freund ermittelt. Burgess ist hin und hergerissen und muss eine Entscheidung treffen…

Nach dem Tod von Tommy Wells Tochter, führen die Ermittlungen in die Vororte Chicagos. Voight findet heraus, wer geheime Informationen des 21. Bezirks des Chicago Police Department durchsickern lässt.

Halstead geht mit Camila feiern und wird ungewollt in einen Mordfall verwickelt. Er muss sich nun entscheiden - liegt seine Loyalität bei seinem Team oder seiner Freundin? Voight findet indes heraus, wer der Maulwurf in seinem Team ist.

Burgess arbeitet mit ihrem ersten Informanten zusammen, um einen rücksichtslosen Zuhälter hochzunehmen. Bei den Ermittlungen trifft das Team auf eine Frau in einem Frauenhaus, die berichtet, dass der Zuhälter dort immer nach Mädchen Ausschau hält. Burgess sammelt einige essentielle Beweise und bringt dadurch ihren Informanten in Gefahr!

Atwater verschwindet spurlos, nachdem er sich im Haus eines verurteilten Verbrechers aufgehalten hatte - Die Beweislage ist alles andere als verheißungsvoll: das Team findet sein Hab und Gut und sein Blut. Das Team versucht daraufhin alles, um Atwater rechtzeitig ausfindig zu machen, bevor es für ihn zu spät ist…

Antonio kommt der Salvadorianerin Detective Marcella Gomez näher und findet heraus, dass sie ein geheimes Ziel verfolgt. In der Zwischenzeit erfährt Voight, dass der Körper des Mörders seines Sohns aufgefunden wurde.

Burgess fragt sich, ob die Männer, die ihre Schwester angegriffen haben, für ihre Taten wirklich zur Rechenschaft gezogen wurde.

In der 100. Episode von Chicago P.D. hat es das Team mit einer Reihe von Bombenanschlägen zu tun, die gezielt Angestellte der Medien ins Visier nehmen. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt und das Team zieht das Firehouse-51-Department zur Hilfe, um weitere Anschläge zu verhindern.

Das Crossover wird fortgesetzt bei Chicago Fire 6x13 "Versteckspiele (2)".

Das Team ermittelt den Mordfall von Stadtrat Burton. Olinsky fühlt sich unterdessen von Woods unter Druck gesetzt, nachdem er ihm ein Ultimatum gesetzt hat.

Upton nimmt ihre alte Undercoveridentität an, um einen Meth-Ring auszuheben, der von einem alten Bekannten aus der Unterwelt angeführt wird.

Eine Reihe Einbrüche führen auf einen unerwarteten Täter zurück. Voight konfrontiert einen wichtigen Zeugen in der Bingham Ermittlung.

Nachdem Voight die Entführung einer jungen Frau beobachtet, die eine mysteriöse Verbindung zu seiner Vergangenheit hat, ermittelt das Team um eine Verbindung zu einer Bankraubserie zu finden.

Ruzek bekommt den Tipp, dass eine großes Geschworenengericht einberufen wurde.

Halstead und Atwater gehen undercover um eine Ladung Militärwaffen abzufangen bevor sie auf den Schwarzmarkt auf der Straße gelangen. Voight beruft sich auf einen Gefallen um Olinskys Namen von Binghams Mord reinzuwaschen.

Die Spannungen kochen hoch, als der Geheimdienst sich dafür rächen will, dass Olinsky im Gefängnis erstochen wurde. Antonios Loyalität wird geprüft. Woods will Voight ein für alle Mal aus dem Verkehr ziehen.