Naruto est un jeune orphelin du village de Konoha. Possédant en lui le démon renard Kyûbi qui a ravagé le village au moment de sa naissance et a été scellé en lui, il est rejeté par les autres villageois, et fait de nombreuses frasques pour tenter de se faire remarquer. Il étudie les arts ninjas à l’académie du village, mais est le seul élève qui ne parvient pas à obtenir le grade de genin. Un de ses professeurs, Mizuki décide alors de profiter de son ressentiment pour lui faire voler le rouleau des techniques interdites conservé dans le bureau du chef du village, le Hokage. Parti seul dans la forêt, il parvient à apprendre la première technique du rouleau, le « Multi clonage ». Son autre professeur, Iruka le retrouve, mais ils sont attaqués par Mizuki. Mizuki dévoile à Naruto qu’il est possédé par le démon renard et que c'est pour ça qu’il est rejeté, mais lorsque Naruto comprend qu’Iruka ne le rejette pas et reconnaît sa valeur, il défait Mizuki avec sa nouvelle technique et reçoit son bandeau frontal, signe qu’il est un ninja à part entière.

L’épreuve de survie continue ; Sakura est mise hors de combat par Kakashi avec une illusion, et ce dernier engage un face à face contre Sasuke, qu’il met hors de combat ; pendant ce temps, Naruto découvre où est caché le repas de midi et s’apprête à manger, mais il est découvert par Kakashi et attaché à un poteau. Le jōnin demande aux deux autres de manger pour prendre des forces avant de reprendre le test ; il les sermonne durement en leur disant qu’ils n’ont rien compris au test et devraient abandonner l’idée d’être des ninjas, avant de leur révéler que seul le travail d’équipe est payant dans cette épreuve, et part en leur interdisant de donner de la nourriture à Naruto. Lorsqu’il est hors de vue, Sasuke et Sakura aident Naruto à manger pour qu’il soit d’attaque lors de leur prochaine tentative ; Kakashi surgit alors en leur disant qu’ils ont réussi le test, car prendre soin de ses camarades est selon lui prioritaire aux règles.

Pendant leur séjour au Pays des Vagues, Naruto et ses compagnons découvrent un héros local (Kaiza) et son plus grand admirateur, un jeune garçon du nom d’Inari.

Haku se sacrifie pour sauver Zabuza et Kakashi prépare son attaque finale.

Tous les genin se rencontrent et commencent un test écrit, qui est la première épreuve de l’examen des chūnin.

Konohamaru est chargé de faire un reportage sur Naruto et les participants à l’examen chūnin.

Naruto et Sakura arrivent à temps pour protéger Sasuke à la merci de Gaara. Flashback sur l'enfance de Gaara.

Tsunade avoue à Jiraya que Naruto lui fait beaucoup penser à son petit frère Nawaki, mort il y a quelques années. Elle piège ce dernier en ajoutant de la drogue dans son sake. Le lendemain, elle rejoint Orochimaru afin de donner réponse à sa proposition.

Le combat entre Shikamaru et Tayuya continue. Tayuya envoie ses créatures à l'attaque à l'aide des notes jouées sur sa flûte. Shikamaru met alors son plan en marche et parvient à redresser la situation à son avantage. Mais Tayuya est contrainte de passer au stade n°2 de son sceau maléfique pour inverser la tendance.

Sasuke décide de battre Naruto rapidement en activant son Sharingan ; il replonge une nouvelle fois dans ses souvenirs d'enfance, à l’époque où il déployait de nombreux efforts pour prouver sa valeur à son père.

L’Ermite a rejoint Naruto, Sakura et Sasame, cette dernière connaît le chemin qui mène au village caché du Son. Son cousin a suivi Orochimaru qui lui a fait croire qu’il pouvait redonner la gloire au clan des Fûma. Sasame veut le ramener au village même si pour cela elle doit trahir ses nouveaux amis.

Rock Lee ouvre un dojo afin que les ninjas expérimentés puissent le défier, et pour qu'il puisse ainsi perfectionner son entraînement. Tandis que son premier adversaire est Naruto, Maito Gai se déguise pour défier incognito son élève.

Naruto trouve l'occasion de parler à Yakumo d'elle et de Kurenai. Yakumo lui révèle alors que Kurenai ne voulait pas qu'elle devienne une shinobi. Mais elle, de son côté, veut prouver à ses parents qu'elle est capable de devenir une jounin. Naruto apprend que le troisième Hokage et Kurenai ont prévu de sceller ses pouvoirs.

Todoroki veut venger sa famille et tuer Gantetsu. Le seul inconvénient, c'est que Naruto refuse de le laisser faire, car ils doivent emmener Gantetsu à la capitale. Pendant que Naruto et Todoroki se battent, le shinobazu saisit l'occasion et capture Gantetsu. De leur côté, Lee et Sakura sont encerclés par des enfants qui exigent qu'ils leurs livrent Gantetsu. Naruto et Todoroki pourront-ils ramener Gantetsu ? Pourquoi les enfants veulent-ils Gantetsu ? Et comment se fait-il que l'un des enfants soit le petit frère de Todoroki ?