Il Team 7 continua l'esercitazione di sopravvivenza. Il gruppo scopre qual è il modo di superare il test.

Il Team 7 viene a conoscenza della storia di Kaiza, un eroe locale, e di Inari, suo figlio. Kaiza era considerato da tutti un eroe, finché gli uomini di Gato non lo hanno malmenato e infine crocifisso e ucciso davanti a tutti i paesani; per questo Inari non crede più negli eroi.

Il potere del Cercoterio rimargina tutte le ferite di Naruto e attacca Haku, riuscendo a rompere tutti gli specchi diabolici. Con un pugno stende completamente Haku rompendogli la maschera. Haku rivela a Naruto il motivo per il quale è diventato il braccio destro di Zabusa. Nel frattempo Kakashi e Zabusa continuano la loro battaglia all'ultimo sangue.

Gato sopraggiunge sul luogo per uccidere tutti, ma gli abitanti del villaggio spronati da Inari si preparano a combatterlo, intanto Zabuza, rimproverato da Naruto che non sopporta la sua indifferenza verso il suo socio, comprende la genuinità del legame che c'era fra lui e Haku, dimostrando il suo dolore, e decide di compiere la sua ultima missione: uccidere Gatō. Una volta fatto, si accascia al suolo chiedendo di poter morire accanto ad Haku. Dopo la sepoltura dei due shinobi avversari, il team lascia il villaggio, e Tazuna decide di chiamare il ponte "Naruto".

Il Team 7 e Kabuto combattono contro i ninja della Pioggia dopo essere riusciti a smascherare le loro tecniche illusorie.

La battaglia tra Sakura e Ino si intensifica man mano che vengono svelati i legami di amicizia e rivalità tra le due ragazze. Lo scontro si conclude in parità.

Rock Lee viene sorteggiato per combattere contro il potente e pericoloso Gaara della Sabbia. Durante lo scontro Rock Lee si libera dei pesi che aveva sulle gambe e diventa rapidissimo. Rock Lee usa il Loto frontale su Gaara.

Naruto è in ospedale dopo l’estenuante fatica dell’evocazione di Gamabunta. Shikamaru va a trovarlo e finalmente, dopo tre giorni e tre notti di sonno, Naruto si sveglia. Il ragazzo comincia ad agitarsi perché ha perso tempo prezioso per esercitarsi in vista della prova finale del giorno seguente.

Il Villaggio della Sabbia sferra l’attacco contro la Foglia, che viene colta di sorpresa. L’Hokage viene catturato dal Kazekage, che è Orochimaru sotto mentite spoglie. Gai e Kakashi cercano di eliminare qualche nemico, ma avranno bisogno dell’aiuto di Naruto e Shikamaru.

Sepolte le vittime di guerra, tra cui anche il terzo Hokage, tutti cercano di tornare alla vita normale. Konohamaru dà una mano insieme ai compagni a ricostruire le aule dell’accademia, Naruto torna ad allenasi.

Mentre Naruto e Jiraiya continuano a cercare Tsunade, l’addestramento continua. Ora si tratta di imparare la terza fase, quella in cui la rotazione e la potenza vanno mescolate in modo omogeneo e trattenute.

È il momento dello scontro diretto tra Jiraiya e Orochimaru, mentre Kabuto dovrà occuparsi degli altri. I due ninja leggendari ricorrono alla tecnica del richiamo. Orochimaru riesce a evocare i suoi serpenti, ma Jiraiya è ancora spossato e riesce a evocare solo i figli di Gamabunta.

Aoi ha avvelenato tutti gli avversari con i suoi aghi micidiali. Fortunatamente, Tsunade aveva dato a Sakura un rimedio medico per riprendersi da eventuali attacchi. È così che Sasuke, Naruto e Idate riescono a recuperare le forze. Ma il giovane Idate si sente sconfitto.

Il gruppo di Shikamaru viene subito smascherato dal Quartetto che reagisce all’istante nell’agguato. Jirobo, grazie alle sue capacità, riesce a rinchiuderli in una gabbia di terra mentre i compagni scappano con la botte in cui è stato messo Sasuke.

Orochimaru ha urgentemente bisogno di un nuovo corpo, il suo sta letteralmente cadendo a pezzi. Purtroppo per lui, Sasuke non è arrivato per tempo e Kimimaro non è in grado di regalargli il corpo che gli aveva promesso.

Rock Lee è in stato di confusione totale e Kimimaro intende approfittarne. Ma Rock Lee si riprende e scarica addosso all’avversario il Loto Frontale.

Naruto, Sakura and Jiraiya end up in a town that is even worse than the one they were chased out of. Jiraiya heads off and leaves Naruto and Sakura to get some food. Along the way they find the ninja that attacked them before, but things are not as clearcut as they might seem.

The battle between Naruto and Arashi continues, but Naruto's injury is making it difficult for him to succeed. Sasame jumps in to try to save Naruto but will it be enough?

Mizuki is determined to make Naruto and Iruka suffer and it appears that he has the upper edge with his improved strength and speed! Shikamaru, Ino and Chouji are also at their limits and now Fuujin and Raijin are free. Can Tsunade arrive in time to help?

Naruto, Tenten, Neji and Lee continue their mission to stop Raiga and save the Rourusuke Family. They try to work out a plan but the thick fog makes it difficult for them to see. Even Neji's Byakugan doesn't seem to help. Lee fights Raiga and manages to knock a bag off his back. What is this bag and what is inside it that seems so important? Meanwhile Naruto steps up to battle Raiga. Will he be able to defeat him?

Every Genin is assigned a squad of Cadets to lead on a mission that forces all of them to race to the top of a mountain to retrieve a scroll and, wouldn't you know it, guess who Naruto ends up leading? Its none other than the Konohamaru corps. However, when a storm causes the mission to be cancelled without his knowing, he will have to be a better leader than ever to keep his team alive!

Kakashi orders Neji and Tenten to return to the village with him, much to their protest. Meanwhile Koumei is about to be executed, at least until the Noroimusha shows up! Is the ghost an ally or an enemy and whatever became of Naruto? Questions are answered as Sagi reveals the truth!

Naruto and Amachi's battle comes to a rather quick end, or does it? Also, Anko recovers more of her past including a significant event.

The Konoha team continue to investigate the star's theft and start to realise everything is not quite as it seems. Everything seems to be leading to a final battle, but who is the real enemy behind all this?

With Naruto defeated, Hinata decides to join the fight. Will she be able to defeat the second evil ninja? And what of the princess?

Gai is trapped inside a fortress made of practice posts. Yagura appears but is he there to help or to hinder? Naruto, Neji and Tenten show up to try and rescue Gai, but will it be too much for them to handle on their own?