Le factotum d'un prince saoudien, en stage de pilotage, meurt dans l'explosion de la voiture de son employeur sur le parking de la base de Pax River. Aussitôt après, l'attentat est revendiqué par un groupe terroriste. Dans le même temps, DiNozzo est surpris, et perturbé, par l'arrivée de son père dans les bureaux du service. Cette visite, apparemment privée, ne doit en réalité rien au hasard…

Gibbs fait appel au père de DiNozzo pour l'aider dans une enquête sur la mort d'un retraité de la marine qui travaillait pour une compagnie minière et maritime internationale. Son corps a été découvert dans une poubelle, au sein d'une prestigieuse école navale, alors qu'il venait d'arriver de Suisse. Anthony DiNozzo Sr., qui était à bord du même avion, semble être la dernière personne à avoir vu la victime vivante.

Le père de Tony DiNozzo est le principal suspect dans une affaire de meurtre. Il a en effet été retrouvé ivre mort dans une voiture de location, avec le cadavre d'un marine dans le coffre. Le vieil homme n'a aucun souvenir de ce qu'il a fait la veille... L'enquête est confiée à Gibbs et à son équipe. Tony est logiquement mis à l'écart, ce qui ne l'empêche pas de mener discrètement ses propres investigations.

Un homme s'étant fait passer pour un officier de la marine tire sur DiNozzo. Ce dernier riposte et abat l'inconnu. Seul témoin du drame : le père de DiNozzo, présent en ville pour faire certaines révélations à son fils. Le vieil homme est alors interrogé par un agent de l'Inspection générale qui mène une enquête sur cette affaire. Abby découvre que la victime était un détective privé réputé.

L'équipe du NCIS doit déterminer qui ment, la femme ou la maitresse, après que les femmes s'accusent mutuellement pour le meurtre d'un officier des Affaires Publiques de la Navy. En même temps, Anthony DiNozzo Sr aide une femme sans-abri qui croit qu'il est son père.

Les équipes du NCIS, du FBI et du MI6 continuent une traque internationale, alors que Gibbs vient de faire innocenter Jacob (qui était venu se rendre au NCIS) et que l'on apprend la fuite de l'ex-agent de la CIA Kort. On apprend une attaque terroriste sur la maison où Ziva est censée être depuis son retour en Israël. Fornell est toujours à l'hôpital. La traque va certainement se poursuivre en Israël : va-t-on avoir des nouvelles de Ziva ?

Palmer ment a Gibbs a cause de son beau-père impliqué dans un meurtre. Dinozzo senior se joint à l'enquête.