historia se centra en Lucy, una Diclonius (una mutación del ser humano que se caracteriza por tener dos cuernos en la cabeza y dos brazos invisibles) que consigue escapar del centro de investigación donde la tenían retenida para estudiarla. En la huida, es alcanzada por un francotirador que le destruye el casco que protegía su cabeza dejándola inconsciente. Lucy es arrastrada por las olas hasta una playa donde es encontrada por Kōta y Yuka. Debido al impacto, Lucy ha perdido la memoria por completo y pasa de ser una sádica asesina a una inocente chica que solo sabe decir "Nyu". Con el paso del tiempo, Lucy ira recordando cosas del pasado.

It’s the calm after the storm... but the calm won’t last long. Kurama and the secret facility are sending two people after Lucy. One is the newly healed and stronger Bando. The other is a diclonius just like Lucy. At Kouta’s house, Yuka and a homeless girl named Mayu talk about the events that happened two nights ago at the beach. All of a sudden, Nyuu slips and falls. She bangs her head and Lucy awakens inside of her.

Lucy escapa de la casa de Kōta y se va al cementerio de la ciudad donde se encuentra con Nana y comienzan una batalla entre diclonius donde Nana pierde siendo desmembrada por Lucy. Mientras tanto Mayu es acogida por Kōta en su hogar.

El soldado Bando, escapa del hospital para cobrar venganza de lo que le había hecho Lucy cuando fallo su intento de capturarla. Mas tarde encuentran el cuerpo del profesor Kakuzawa decapitado (asesinado por Lucy al recuperar su personalidad oscura). Después Kōta y Yuka encuentran a Nyu y la llevan de regreso a casa.

En este episodio se revela el pasado de Lucy, una cruda infancia donde fue criticada por sus compañeros del orfanato por sus cuernos. Se ve que paso por varios traumas que terminan desatando sus instintos asesinos y asesina a sus compañeros del orfanato.

Los responsables de los laboratorios deciden liberar a Mariko, la hija de Kurama, para que traiga de vuelta a Lucy. Nana decide enfrentarse a Mariko para proteger a su nueva familia. Nana queda en desventaja contra Mariko y comienza a torturarla.

Yuka informs Mayu of Kouta's past. Meanwhile, Lucy and Mariko find each other and face off in a fight. Now, Nana and Kurama have to find Mariko because Kurama needs to kill her...