Alors que les médias sont tournés vers l'affaire, l'exécution du criminel Oswald Danes échoue. Celui-ci ne peut mourir. Un cas étrange qui n'est pas isolé. Dans les dernières 24 heures, aucune mort n'a été signalée dans aucun hôpital à travers le monde. Des gens qui auraient dû périr suite à de graves blessures ou une maladie mortelle, en réchappent miraculeusement. Les médias ne tardent pas à surnommer cette journée particulière "Le jour du miracle". Mais le phénomène ne s'arrête pas là. Personne ne meurt le jour suivant. Ni le suivant... Au pays de Galles, Gwen et Rhys vivent cachés avec leur enfant depuis la disparition de Torchwood. A propos de Torchwood justement, l'agent de la CIA Esther Drummond cherche à creuser un curieux mystère. Elle a reçu un e-mail anonyme avec un seul mot : Torchwood. En menant son enquête, elle découvre que toutes les informations concernant Torchwood semblent avoir disparues. Esther décide de pousser ses investigations pour à en savoir plus sur cette ancienne organisation britannique...

Ayant mis le grappin sur Jack et Gwen, Rex les réquisitionne sans leur demander leur avis. Un avion est affrété pour ramener les deux anciennes recrues de Torchwood aux Etats-Unis. Il compte les utiliser pour essayer de comprendre et remédier à ce phénomène qui depuis quelques jours empêche toute personne de mourir... à l'exception de Jack qui semble être redevenu mortel ! Quel peut bien être le lien entre Torchwood et ce miracle ?

Rex est de retour aux Etats-Unis avec Jack et Gwen. Ils font équipe pour découvrir qui tire les ficelles au sein de la CIA, mettant Esther et Rex hors course. Une piste les mène vers une société pharmaceutique qui serait liée au Jour du Miracle...

Le Jour du Miracle n'a pas éradiqué la maladie. Les gens ne peuvent plus mourir mais les infections et les épidémies font rage. Jack, Gwen, Rex et Esther découvrent que le géant pharmaceutique Phicorp n'est pas étranger au phénomène. Ses entrepôts regorgent de stocks de médicaments prêts à être consommés, n'attendant plus que le feu vert pour lancer la libre-circulation. Phicorp était donc informé de ce qui allait arriver. Les responsables de cette entreprise sont-ils à l'origine du Jour du Miracle ? Torchwood met le cap vers Los Angeles, là où se trouve la société-mère de Phicorp, afin d'approfondir les investigations...

Jack, Gwen, Rex et Esther ne sont pas les seuls à mettre en doute l'implication de Phicorp dans les récents événements. Un certain Stuart Owens, au sein de Phicorp même, mène sa propre investigation. Sa dernière piste, sur un terrain situé à Shanghai en Chine, le conduit à un cul-de-sac... N'ayant plus de nouvelles du docteur Juarez, Esther est inquiète. D'autant que Maloney décide de boucler la zone. Rex, lui, est déterminé à dévoiler au monde entier ce qui se passe dans les camps. Il a eu la désagréable surprise de découvrir de ses propres yeux l'utilité des modules. Quant à Gwen, elle se démène pour éviter que son père soit transféré à son tour dans un module, où il sera incinéré...

Gwen est prise au piège. Les personnes à l'origine du Miracle tiennent sa famille en otage. Si elle veut revoir son mari, sa mère et sa fille, elle va devoir leur obéir et leur livrer Jack. Les mystérieux inconnus se servent des verres de contact de Torchwood pour voir ce que la jeune femme fait, et pour lui donner leurs instructions. Gwen n'a d'autre choix que de répondre à leurs attentes. Il lui faut embarquer Jack contre son gré...

Jack apprend qu'Angelo Colasanto, un homme qu'il a aimé dans les années 1920, est toujours en vie. Et qu'il pourrait avoir des réponses sur l'origine du Miracle. Tout a débuté il y a si longtemps... En découvrant l'immortalité de Jack en 1928, trois hommes avaient fait alliance pour acquérir le pouvoir de la résurrection. Leurs familles respectivement ont depuis mené des recherches très poussées pour parvenir à percer le mystère de la vie. Trois familles aujourd'hui bien cachées...

La situation est tellement critique que le meurtre a été institutionnalisé. Les individus de catégorie 1 doivent être éliminés ! Le problème est que beaucoup de personnes sont affectées au niveau de la mort alors que leur état ne le justifie pas. Pendant ce temps, les médicaments se vendent à prix d'or au marché noir. Les gens ont peur de passer par la filière légale de peur d'être envoyés dans les camps de la mort. Des descentes sont régulièrement effectuées chez les citoyens pour vérifier que des personnes essayant d'éviter les fours ne s'y cachent. Pour lui éviter ce sort funeste, Gwen abrite son père, très malade, à la cave...

Jack, Gwen, Rex, Esther et Oswald sont déterminés à mettre fin au Miracle. Leur piste les amène à Shanghai et Buenos Aires. Il leur faut se séparer en deux groupes pour se rendre sur place. Rex agit sous couverture pour ne pas alerter la taupe infiltrée au sein de la CIA. Arriveront-il à temps pour arrêter les descendants des trois familles à l'origine du Miracle ?